توفي الصباح عام 518 هـ/1124 م في قلعته، واختلفت المصادر عن مصير ذريته (المصادر الغربية وبعض العربية تذكر انه قتل أولاده في حياته) إلا أن المصادر كلها اجمعت على انه مات من غير جناية. وخلفه بزرك أميد (برزجميد)، وكلف ناس بشئون الدعوة والإدارة وقيادة القوات، وطلب منهم التعاون مع بعض حتى ظهور الإمام المستتر ويتولى شئون الطائفة. توفى شيخ الجبل، السيد حسن الصباح في 7 ربيع الثاني 518 هـ / 23 مايو 1124 في قلعة ألموت.

في عام 1121 اغتيل الوزير الأفضل قائد الجيوش في القاهرة، وقد ادعى الباطنية بأنهم قتلوه ولكن المؤكد هو أن الآمر بأحكام الله هو من قتله ليتخلص منه، وقد احتفل حسن الصباح في قلعة ألموت مدة سبعة أيام بالمناسبة تلك. ثم بعث الخليفة الأمر بأحكام الله برسالة كتبها المأمون كاتم اسرار الدولة من القاهرة لحسن الصباح، يطلب منه انه يرجع للحق وينبذ اعتقاده في إمامة نزار. وتدهورت العلاقات أكثر بين حسن الصباح والحكام الفاطميين في مصر.

واجه الإسماعيليون معضلة بخصوص شخصية الإمام الذي يعتبر الشخصية المركزية في نظامهم الدينى والسياسى. فقد اعتبروا نزار هو الإمام الشرعى بعد المستنصر، لكن موت نزار في سجن في الإسكندرية جعل النزاريون يدعون بعدم موته وإنما اختفى وسيعود مرة أخرى على هيئة المهدى المنتظر وهذا معناه ان خط الأئمة انتهى. لم يعرف بالضبط موقف حسن الصباح في تلك المعضلة، لكن ظهرت نظريات تقول بأن الإمامة انتقلت لحفيد نزار الذي انتقل في السر إلى قلعة ألموت، ونظرية أخرى قالت بوجود محظية حامل من نزار نقلوها لقلعة ألموت وولدت فيها الإمام الجديد. من بعدها صار إسماعيلية إيران وحكام قلعة ألموت أعداء للخليفة الفاطمي مثلما هم أعداء للخليفة العباسي في العراق وسلطان السلاجقة.

بعد موت المستنصر بالله 487 هـ/1094 م، قام الوزير بدر الدين الجمالي بالدعوة لامامة المستعلي الابن الأصغر للمستنصر (ابن أخت الوزير)وإزاحة الابن الأكبر «نزار» ولي العهد. وبذلك انشقت الفاطمية إلى نزارية مشرقية، ومستعلية مغربية.انشق الصباح عن الفاطميين ليدعو إلى إمامة نزار بن المستنصر بالله ومن جاء مِن نسله، حسن الصباح كان في النظام مجرد عميل للزعماء الفاطميين في مصر ونائب لعبد الملك بن عطاش وخليفته. وقد اتخذ من قلعة ألموت في مدينة رودبار بالقرب من نهر «شاه ورد» في فارس مركزًا لنشر دعوته وترسيخ أركان دولته.

اغتيال نظام الملك كان من أولى عمليات الاغتيال الكبرى التي قام بها الحشاشون (الباطنية) ، وكانت بداية لسلسلة طويلة من الاغتيالات التي قاموا بها ضد ملوك وأمراء وقادة جيوش ورجال دين، استمرت حتى احتل هولاكو قلعة ألموت عام 1256 وقضى على طائفتهم بالشرق والتي استمرت حوالي القرنين من الزمان.