وجهت لابن طولون عدة انتقادات، منها استقلاله عن الخلافة العباسية، ومنها كثرة سفكه للدماء، فيقول عنه الذهبي: «لكنه جبار، سفاك للدماء.»، فيُروى أن من قتلهم ابن طولون أو ماتوا في سجنه فبلغوا ثمانية عشر ألفًا. فيصفه مصطفى صادق الرافعي في كتابه من وحي القلم بقوله: «كان له يد مع الملائكة ضارعة، ويد مع الشياطين ضاربة»، وتشتهر قصته مع بنان الحمال الذي ألقاه إلى الأسد، فيروي ابن قتيبة الدينوري: «ولما ذهب شيخك أبو الحسن بنان إلى ابن طولون يعظه، وينهاه عن هذه النكراء، طاش عقل الحاكم، فأمر من توه بإلقاء الشيخ إلى الأسد.» ويقول أبو علي الروذباري: «كان سبب دخولي مصر حكاية بنان الحمال، وذلك أنه أمر ابن طولون بالمعروف فأمر به أن يلقى بين يدي سبع، فجعل السبع يشمه ولا يضره، فلما أخرج من بين يدي السبع قيل له: ما الذي كان في قلبك حيث شمك؟ قال: كنت أتفكر في سؤر السباع ولعابها.»
