انتقد ابن الشاطر في أشهر كتبه «نهاية السؤال في تصحيح الأصول» النظام الفلكي البطلمي، ورفض أفكار بطليموس وغيره من علماء الإغريق حول الشمس والقمر والنجوم والكواكب، واقترح بدلاً من ذلك نموذجاً فلكياً جديداً يشبه إلى حدٍّ ما النظام الفلكي الشهير الذي وضعه لاحقاً نيكولاس كوبرنيكوس في القرن السادس عشر.