تعرض محمد علي للعديد من الانتقادات بعد مذبحه القلعه من المؤرخين الغربيين بسبب غدره بالمماليك في تلك المذبحة، (5) بينما عدها البعض مثل محمد فريد إحدى أفعال محمد علي الحسنة التي خلّص بها مصر من شر المماليك. بتخلص محمد علي من معظم المماليك، انسحب المماليك الذين بقوا في الصعيد إلى دنقلة، وبذلك أصبح لمحمد علي كامل السيطرة على مصر.