مذهبه الفقهي:-
اختلف العلماء في تعيين مذهب الإمام البخاري الفقهي. فنسبوه إلى مذاهبهم. وللعلماء في ذلك ثلاثة أقوال:
أنه من الحنابلة، حيث ذكره ابن أبي يعلى في كتابه طبقات الحنابلة، وقال ابن القيّم: «البخاري ومسلم وأبو داود والأثرم وهذه الطبقة من أصحاب أحمد أتبع له من المقلدين المحض المنتسبين إليه.»
أنه من الشافعية، فذكره تاج الدين السبكي في كتاب طبقات الشافعية الكبرى، وعدّه صديق حسن خان من أئمة الشافعية في كتاب أبجد العلوم. وقال ابن حجر العسقلاني: «أن البخاري في جميع ما يورده من تفسير الغريب إنما ينقله عن أهل ذلك الفن كأبي عبيدة والنضر بن شميل والفراء وغيرهم وأما المباحث الفقهيه فغالبها مستمدة من الشافعي وأبي عبيد وأمثالهما.»
أنه مجتهد مستقلّ، ولم يكن مقلّداً لأي من مذاهب الأئمة الأربعة المشهورة، وهو ما رجّحه عدد كبير من العلماء من المتقدّمين والمعاصرين. قال ابن تيمية: «أما البخاري؛ وأبو داود فإمامان في الفقه من أهل الاجتهاد.» وقال الذهبي:«كان إماماً حافظاً حجة رأساً في الفقه والحديث مجتهداً من أفراد العالم.» وقال محمد أنور الكشميري: «أن البخاري عندي سلك مسلك الاجتهاد ولم يقلد أحداً في كتابه.» وقال الدكتور نور الدين عتر: «أما البخاري فكان في الفقه أكثر عمقاً وغوصاً، وهذا كتابه كتاب إمام مجتهد غواص في الفقه والاستنباط، بما لا يقل عن الاجتهاد المطلق، لكن على طريقة فقهاء المحدثين النابهين، وقد قرأ منذ صغره كتب ابن المبارك وهو من خواص تلامذة أبي حنيفة، ثم اطلع على فقه الحنفية وهو حدث – كما أخبر عن نفسه -، واطلع على فقه الشافعي من طريق الكرابيسي، كما أخذ عن أصحاب مالك فقهه، فجمع طرق الاجتهاد إحاطة واطلاعاً، فتهيأ له بذلك مع ذكائه المفرط وسيلان ذهنه أن يسلك طريق المجتهدين، ويبلغ شأوهم. وهذا كتابه شاهد صدق على ذلك، حيث يستنبط فيه الحكم من الأدلة، ويتبع الدليل دون التزام مذهب من المذاهب، والأمثلة التي ضمها بحثنا عن فقهه وما أوجزنا من القول في عمق تراجمهم وتنوع طرق استنباطه، يدل على أنه مجتهد بلغ رتبة المجتهدين، وليس مقلداً لمذهب ما كما يدعي بعض أتباع المذاهب.» وقال الشيخ محمد بن صالح العثيمين: «كان مجتهداً في الفقه، وله دقة عجيبة في استنباطه من الحديث.» وقال الشيخ عبد الكريم الخضير: «أبدى رحمه الله تعالى براعة فائقة في دقة الاستنباط مما يدل على أنه إمام فقيه مجتهد.» واستدلوا على ذلك بما روي عن كثير من الأئمة من معاصري الإمام البخاري وشيوخه في بيان سعة علمه وفقهه. روي عن نعيم بن حماد أنه قال:«محمد بن إسماعيل فقيه هذه الأمة.» وعن إسحاق بن راهويه أنه قال: «لو كان محمد بن إسماعيل في زمن الحسن بن أبي الحسن (الحسن البصري) لاحتاج الناس إليه، لمعرفته بالحديث وفقهه.» وعن قتيبة بن سعيد أنه قال: «جالست الفقهاء والعباد والزهاد فما رأيت منذ عقلت مثل محمد بن إسماعيل وهو في زمانه كعمر في الصحابة.» وقال محمد بن أبي حاتم: «سمعت حاشد بن عبد الله يقول: قال لي أبو مصعب أحمد بن أبي بكر المديني: محمد بن إسماعيل أفقه عندنا وأبصر من ابن حنبل. فقال رجل من جلسائه: جاوزت الحد. فقال أبو مصعب: لو أدركت مالكاً ونظرت إلى وجهه ووجه محمد بن إسماعيل لقلت كلاهما واحد في الفقه والحديث.» وعن محمد بن يوسف الفربري قال: «كنا مع أبي عبد الله عند محمد بن بشار، فسأله محمد بن بشار عن حديث، فأجابه. فقال: هذا أفقه خلق الله في زماننا، وأشار إلى محمد بن إسماعيل.» وقال حاشد بن إسماعيل: «كنت بالبصرة فسمعت قدوم محمد بن إسماعيل، فلما قدم، قال: محمد بن بشار: دخل اليوم سيد الفقهاء.» وقال: «سمعت علي بن حجر، يقول: أخرجت خراسان ثلاثة: أبا زرعة الرازي بالري، ومحمد بن إسماعيل البخاري ببخارى، وعبد الله بن عبد الرحمن بسمرقند، ومحمد بن إسماعيل عندي أبصرهم، وأعلمهم، وأفقههم.»
