أصدر كتابه " الله والإنسان" في عام 1957، والذي هو عبارة عن مناقشة يشكك فيها بالمسلمات الدينية ويرفض كثيرا منها، وطرح فيها قضايا وموضوعات لم يعتد المجتمع على طرحها، مثل مسألة القضاء والقدر، والجنة والنار، والصواب والخطأ، وقد طرحها طرحا عقلانيا، لم يرق لبعض علماء الأزهر حينها، فعارضوه بمقالاتهم المتهمة إياه بالكفر والفسق، واستمر الضغط إلى أن منع الكتاب وسحب من الأسواق.

تأثر مصطفى محمود كثيرا بالفكر الصوفي وشيوخه، كالشيخ النفري وابن عربي وابن عطاء الله السكندري والإمام الغزالي، وفي أواخر السبعينيات من القرن الماضي كان الاتجاه الصوفي ظاهرا في كتاباته، ككتاب "الوجود والعدم" و"أسرار القرآن" و"القرآن كائن حي".

من ناحية الجانب الفني والأدبي، كتب الدكتور الراحل مجموعة من الأشكال الأدبية ما بين الرواية والمسرح والقصص القصيرة وتجسدت في أعمال مثل شلة الأنس والعنكبوت والمستحيل وغيرها. تعد «شلة الأنس» هي مجموعة قصصية صدرت عام 1962، تبرز شخصيات واقعية شعبية، تجتمع كل يوم وقت العصاري، يدخنون المعسل والجوزة ويتحدثون في الفن والاختراعات، وتحولت الرواية إلى فيلم سينمائي يحمل نفس الاسم في عام 1976. ولعب بطولة الفيلم كلا من نور الشريف وعزت العلايلي ونيللي وهدى سلطان، وآخرين، وبعدها كتاب «العنكبوت» وهي من أشهر رواياته وصدرت عام 1965 وهي رواية فلسفية لا تخلوا من لمسة خيال علمي وتناقش فكرة مصير الروح وارتباطها بالإنسان وماذا يحدث بعد الموت، وثم تقديم الرواية في مسلسل عام 1973 ولعب بطولته كلا من عزت العلايلي ومحمود المليجي، ومديحة كامل وآخرين.

تمركزت جهود مصطفى محمود حول توضيح خطر الصهيونية، ووظف لها -فضلا عن مقالاته- 9 كتب أصدرها خلال حقبة التسعينيات، تتضمن أطروحاته الفلسفية تجاه جذور الخطر وحاضره ومآلاته. ولعل هذا المجهود الفكري من جانب مصطفى محمود هو ما دفع أسرته وعددا من متتبعي سيرته لاتهام إسرائيل بالوقوف وراء منع صاحب «العلم والإيمان» من استكمال برنامجه الشهير بالتلفزيون المصري، فضلا عن حظر مقالاته في الصحف، ففي كتابه «إسرائيل البداية والنهاية»، يقول مصطفى محمود إن «إسرائيل تتصرف وكأنها تتعامل مع أصفار، وتتوسع وكأنها تمرح في فراغ، وهذا الغياب للموقف العربي سوف تكون له عواقب وخيمة». وأمام هذا التهاون أو الهوان العربي كان ضروريا أن يحذر المفكر المصري من مآلات السلام الذي يسعى إليه الكيان الصهيوني، ففي كتابه «على حافة الانتحار» رأى أن إسرائيل ليست لديها نية جادة للسلام بقدر ما هي راغبة في تطويع وقبول من الطرف العربي لسلام من طرف واحد.

روى مصطفى محمود أنه عندما عرض على التلفاز مشروع برنامج العلم والإيمان، وافق التلفاز راصدًا 30 جنيه للحلقة !، وبذلك فشل المشروع منذ بدايته إلا أن أحد رجال الأعمال علم بالموضوع فأنتج البرنامج على نفقته الخاصة ليصبح من أشهر البرامج التلفازية وأوسعها انتشاراً على الإطلاق، ولا زال الجميع يذكرونه سهرة الإثنين الساعة التاسعة ومقدمة الناى الحزينة في البرنامج وافتتاحية مصطفى محمود (أهلا بيكم)! إلا أنه ككل الأشياء الجميلة كان لا بد من نهاية، للأسف هناك شخص ما أصدر قرارا برفع البرنامج من خريطة البرامج التلفازية!! وقال ابنه ادهم مصطفى محمود بعد ذلك أن القرار بوقف البرنامج صدر من الرئاسة المصرية إلى وزير الإعلام آنذاك صفوت الشريف.