بقيَ ابنُ النفيس حتى وفاته في القاهرة، وعندما بلغ الثمانين من العمر مرض ستة أيام مرضًا شديدًا وحاول الأطباء أن يعالجوه بالخمر وهو يقاسي عذاب المرض قائلًا: «لا ألقى الله وفي جوفي شيءٌ من الخمر.» ولم يطل به المرض فقد توفيَ في فجر يوم الجمعة الموافق (21 ذي القعدة 687 هـ / 17 ديسمبر 1288م)، وقد أوقف داره وكتبه وكل ما له على المستشفى المنصوري في القاهرة قائلًا: «إن شموع العلم يجب أن تضيء بعد وفاتي». ويوجد مسجد في مدينة الرحمانية بمحافظة البحيرة ينسب إليه، به ضريحه.

ساهم ابن النّفيس بتأليف العديد من المؤلفات في الطبّ، ومنها:
شرح تشريح القانون:
هو عبارة عن كتاب ضخم مكون من ثلاثمئة صفحة، ويُعدّ من أهم كتب الطبّ العربيّ، ويحتوي هذا الكتاب بين صفحاته على وصف للدورة الدموية الصغرى، وكيفية اكتشاف ابن النّفيس أن عضلات القلب تتغذى من الأوعية الموجودة في داخلها وليس من الدم الموجود في تجويف القلب، وفي هذا الكتاب نقد كلام أعظم طبيبين معروفين عند العرب، وهما ابن سينا وجالينوس، ممّا يدل على عظم ثقته في علمه، ونُشِرَ كتاب شرح تشريح القانون في عام 1988م/1408هـ، بتحقيق من الدكتور سلمان قطابة.

من اعماله:
- أثبت أن الجدار الفاصل بين البطين الأيسر والبطين الأيمن هو عبارة عن جدار لا مسامي، وخالف بذلك الاعتقاد السائد في السابق.
- ساهم في الحدّ من انتشار أحد الأمراض المميتة والخطيرة في مدينة القاهرة في عام 1271م بعد استغراقه عدّة شهور من العمل للسيطرة عليه.

كان الطّبيب الخاص للظاهر بيبرس. عاصر ابن النّفيس احتلال المغول لبغداد وتدميرهم لمكتباتها، وقد أدّى تدمير هذه المكتبات إلى ضياع العديد من مؤلفات ابن النّفيس، وبقي في مصر حتى وفاته عام 687 هجري (1288م) حيث كان يبلغ من العمر ثمانين عاماً، وقد خلّف من بعد وفاته المال الكثير، وجعله بالإضافة إلى كتبه وقفاً للمستشفى المنصوري الذي عمل فيه بعد المستشفى النّاصريّ.

من المؤلفات المهمة لابن النّفيس:
موجز في الطّب: وهو موجز لكتاب القانون في الطّب لابن سينا يتألّف من أربعة أقسام؛ القسم الأول يتحدّث فيه عن القواعد العلميّة والنظريّة للطّب. والقسم الثاني يتحدّث فيه عن الأدوية والأغذية، كما تضمّن بحثاً يتحدّث فيه عن الأدوية المركّبة. والقسم الثالث تحدّث فيه عن الأمراض المتعلّقة بأعضاء الجّسم بشكل منفصل؛ أسبابها، وعلاماتها، وطرق علاجها. أما القسم الرّابع فيذكر فيه الأمراض الّتي لا تتعلّق بعضو معين من أعضاء الجّسم مثل الأورام.