سمح الحاكم بأمر الله في النهاية للمتحولين من المسيحيين واليهود قسراً إلى الإسلام بالعودة إلى عقيدتهم الأصلية وإعادة بناء مواقع العبادة المدمرة. في الواقع، من عام 1012 إلى عام 1021
«أصبح الحاكم بأمر الله أكثر تسامحاً تجاه اليهود والمسيحيين وأكثر عداءاً تجاه أهل السنّة. ومن المفارقات أنه طور موقفاً عدائياً بشكل خاص فيما يتعلق بالشيعة المسلمين. خلال هذه الفترة، في عام 1017، بدأ الدين الفريد للموحدون الدروز في التطور كدين مستقل يقوم على الوحي (كاشف) للحاكم باعتباره إلهياً.»

في عام 1009 أجبر المسيحيين واليهود على ارتداء ربطة على اعناقهم في الحمامات، معلق عليها صليب للمسيحيين وجرس لليهود، وتم تدنيس المدافن المسيحية، وإيقاع العقاب على عدد من الموظفين المسيحيين مما دفع العديد منهم إلى دخول الإسلام خوفاً. ويذكر دانا أن هذه السياسة نالت بشكل عام رضى المسلمين، الذين كرهوا المسيحيين بسبب أعمال المحاباة من قبل الموظفين المسيحيين.

من عام 1007 إلى عام 1012 «كان هناك موقف متسامح بشكل ملحوظ تجاه أهل السنَّة والجماعة وموقف أقل حماسي للإسلام الشيعي، في حين أن الموقف فيما يتعلق» بأهل الكتاب«كان معاديًا». وفي 18 أكتوبر من عام 1009، أمر الحاكم بأمر الله تدمير كنيسة القيامة والمباني المرتبطة بها، حيث يقال أن الحاكم بأمر الله غضب مما اعتبره خدعة يمارسها الكهنة، وهي تلك المتعلقة بنزول «النار المقدسة».

كان الحاكم مسرفا في القتل إلى مدى كبير لكى يحفظ دولته ويصلح شئونها وكان شديدا في التعامل مع رجال دولته وكان يحاسبهم بشدة إذا أخطأوا. كما أنه اعتمد على نظر المظالم لتطهير دولته من الفساد. وكان يواصل ركوبه ليلا ونهارا على حماره ويطوف به في الأسواق والقرى لكى يسمع مظالم الناس. وقد ورث الحاكم عن أبيه العزيز بالله حرصه على توزيع المال على الفقراء والمساكين.

أهم المراسيم التي أصدرها:
قرئ سجل في الأطعمة بالمنع من أكل الملوخية والبقلة المسماة بالجرجير والمتوكلية المنسوبة إلى المتوكل.
المنع من عجن الخبز بالرجل والمنع من أكل الدلنيس والمنع من ذبح البقر التي لا عاقبة لها إلا في أيام الأضاحي وما سواها من الأيام، ولا يذبح منها إلا ما لا يصلح للحرث.
وقرئ سجل آخر بأن يؤذن لصلاة الظهر في أول الساعة السابعة (زوالية) ويؤذن لصلاة العصر في أول الساعة التاسعة (زوالية).
إصلاح المكاييل والموازين والنهي عن البخس فيهما، والمنع من بيع الفقاع وعمله ألبتة لما يؤثر عن علي من كراهة شرب الفقاع.