أفاض المؤرخون فيما أصاب الناس من جراء المجاعة من تعذر وجود الأقوات وغلاء الأسعار من تعذر وجود الأقوات وغلاء الأسعار، واضطر الناس إلى أكل الميتة من الكلاب والقطط والبحث عنها لشرائها.
بل إن بعض المؤرخين ذكروا اكل الناس جثث من مات منهم، وصاحب هذه المجاعة انتشار الأوبئة والأمراض التي فتكت بالمجتمع وقيل إنه كان يموت بمصر عشرة آلاف نفس، ولم يعد يرى في الأسواق أحد، ولم تجد الأرض من يزرعها، وباع الخليفة المستنصر ممتلكاته، ونزحت أمه وبناته إلى بغداد. وساء به الحال حتى إن بعضهم ممَّن كانوا في بعض من اليسر كان يتصدّق عليه بما يأكل في يومه.

حَكَمَ المستنصر طوال ثمانية عشر عامًا، ترك فيها أثرًا طيبًا في تاريخ الدولة، وقد زار مصر الرحالة الفارسي ناصر خسرو فأشاد برخاء مصر وأمنها، ونظمها ومدنها وغناها وثروتها وحضارتها وصف المعجب بما رأى وشاهد، لكن انهارت الأوضاع في أواخر حكمه وتصاعدت الصراعات على السلطة إلى أن توفي المستنصر في 29 ديسمبر 1094م عن عمر يناهز سبعة وستين عامًا.

انهار حكم المستنصر في بلاد الشام أيضا، فاستقل قاضي صور بمدينته وخرجت طرابلس من سلطان الفاطميين، وتتابع ضياع المدن والقلاع من أيديهم، فاستقلت حلب وبيت المقدس والرملة عن سلطانهم ثم تبعتهم دمشق في العام التالي.

لم تقتصر معاناة البلاد على اختلال الإدارة والفوضى السياسية، فجاء نقصان منسوب مياه النيل ليضيف إلى البلاد أزمة عاتية.
وتكرر هذا النقصان ليصيب البلاد بكارثة كبرى ومجاعة داهية امتدت لسبع سنوات متصلة من 1065م إلى سنة 1071م وعُرفت هذه المجاعة بالشدة المستنصرية أو الشدة العظمى.

سيطر المستنصر على الدولة سيطرة تامة وأحسن سياستها فامتد سلطان الخلافة ليشمل بلاد الشام وفلسطين والحجاز وصقلية، وشمال أفريقيا، وتردد اسم الخليفة على المنابر في هذه البلاد. وتطلع إلى بغداد حاضرة الخلافة العباسية السُّنّية ليضمها إلى سلطانه، فنجح في استمالة "أبي الحارث أرسلان البساسيري" أحد قادة العباسيين، ومدّه بالأموال والذخائر فثار على الخليفة العباسي واستولى على بغداد.