توفي الإمام السيوطي في منزله بروضة المقياس على النيل في القاهرة في 19 جمادى الأولى سنة 911 هـ، الموافق 20 أكتوبر 1505 م، ودفن خارج باب القرافة في القاهرة، ومنطقة مدفنه تعرف الآن بمقابر سيدي جلال نسبة إليه، وقبره معروف هناك.

وتلاميذ السيوطي من الكثرة والنجابة بمكان، وأبرزهم «شمس الدين الداودي» صاحب كتاب «طبقات المفسرين»، و«شمس الدين بن طولون»، و«شمس الدين الشامي» محدث الديار المصرية، والمؤرخ الكبير «ابن إياس» صاحب كتاب «بدائع الزهور في وقائع الدهور»، وزين الدين الشماع.

أما الحديث وعلومه، فكان السيوطي يحفظ مائتي ألف حديث كما روى عن نفسه، وكان مغرما بجمع الحديث واستقصائه لذلك ألف عشرات الكتب في هذا المجال، يشتمل الواحد منها على بضعة أجزاء، وفي أحيان أخرى لا يزيد عن بضع صفحات.. ومن كتبه: «إسعاف المبطأ في رجال الموطأ»، و«تنوير الحوالك في شرح موطأ الإمام مالك»، و«جمع الجوامع»، و«الدرر المنتثرة في الأحاديث المشتهرة»، و«المنتقى من شعب الإيمان للبيهقي»، و«أسماء المدلسين»، و«آداب الفتيا»، و«طبقات الحفاظ».

من مؤلفاته في علوم القرآن والتفسير: «الإتقان في علوم التفسير»، و«متشابه القرآن»، و«الإكليل في استنباط التنزيل»، و«مفاتح الغيب في التفسير»، و«طبقات المفسرين»، و«الألفية في القراءات العشر».

تمنى السيوطي أن يكون إمام المائة التاسعة من الهجرة لعلمه الغزير، فيقول: «إني ترجيت من نعم الله وفضله أن أكون المبعوث على هذه المائة، لانفرادي عليها بالتبحر في أنواع العلوم». زادت مؤلفات السيوطي على الثلاثمائة كتاب ورسالة، عدّ له بروكلمان (415) مؤلفا، وأحصى له «حاجي خليفة» في كتابه «كشف الظنون» حوالي (576) مؤلفا، ووصل بها البعض كابن إياس إلى (600 ) مؤلف.