توفي سنة 334 هـ / 946 م بدمشق. وعندما توفي، أوصى لابنه أبو القاسم أنوجور، الذي كان صغيراً، بالخلافة، فكان وصيه هو أبو المسك كافور الإخشيدي الذي حافظ علي ممتلكات الدولة الإخشيدية وقام بتوسيعها.

حدث في 22 جُمادى الآخرة 334هـ المُوافق فيه 29 كانون الثاني (يناير) 946م، خُلع الخليفة العبَّاسي المُستكفي على يد مُعز الدولة البُويهي المُستبد بِدولة الخِلافة العبَّاسيَّة، وبايع بدلًا منه أبو القاسم الفضل بن المُقتدر ولقَّبه بـ«المُطيع لِله»، فثبَّت المُطيع الإخشيد على أعماله وزاد عليها الثُغُور والحرمين واليمن، وخُطب لهُ على منابرها.

عاد الإخشيد إلى مصر بعد أن نظَّم أُمُور الشَّام، فعيَّن الحُسين بن لؤلؤ على دمشق ثُمَّ نقله بعد ستة أشهر إلى حِمص وعيَّن مكانه يانس المُؤنسي، وولَّى أبا الفتح عُثمان بن سعيد الكلابي حلب كما ولَّى أخاه أنطاكية. استمرَّت العلاقة الجيِّدة بين العبَّاسيين والإخشيديين، وقد أقرَّ المُستكفي الإخشيد على ولايتيّ مصر والشَّام، ودعا الأخير لِلأوَّل على المنابر في جميع أنحاء ولايته.

في 22 رجب 332هـ المُوافق فيه 21 آذار (مارس) 944م، غادر الإخشيد مصر مُتجهًا إلى دمشق، ثُمَّ انطلق منها إلى الرقَّة لِلقاء الخليفة، الذي طلب منه المُساعدة ضدَّ أمير الأُمراء الجديد «توزون»، الذي طغى وتحكَّم بالبِلاد والعباد. ولمَّا اجتمع الرجُلان أظهر الإخشيد الطَّاعة التامَّة لِلخليفة وبالغ في إظهار إجلاله، فأُعجب الخليفة به، فخلع عليه وكنَّاه بِأبي القاسم واستخلفهُ على ولايتيّ مصر والشَّام على مدى ثلاثين سنة، واعترف لهُ بِحق توريثها لِأبنائه من بعده.

كان لِلنجاح الذي حقَّقه مُحمَّد بن رائق في الشَّام أثرٌ على سياق الأحداث في مصر. فقد شعر الإخشيد بِضغط هذا الرجُل والجُهود المُضنية اللازمة لِوقفه عند حدِّه، وعلم بِأنَّهُ قُلِّد ولاية الشَّام، فأراد أن يستطلع رأي الخليفة والقائمين على السُلطة في بغداد، ويتعرَّف على مواقفهم من الأحداث الجارية في الشَّام، فكتب إلى مُمثله في عاصمة الخلافة علي بن أحمد العجمي يطلب منهُ إعلام الخليفة بِنشاط مُحمَّد بن رائق ومطامعه في الشَّام، وأنَّهُ، أي الإخشيد، حاول عبثًا استرضاءه، وسيلتزم بِقرار الخليفة إذا صحَّ أنَّهُ ولَّاه هذه البلاد، كما أنَّهُ على استعداد لِقتاله وصدِّه عن الشَّام إذا كلَّفهُ الخليفة بذلك.