يرى بعض المُؤرخين أن وفاة الهادي كانت وفاة طبيعية، بينما يرى البعض أنه اغتيل من قبل الخيزران بنت عطاء أم هارون الرشيد التي أمرت جواريها أن يقتلنه فخنقنه، ويُعتقد أن سبب الإغتيال هي رغبة الهادي في خلع أخيه هارون الرشيد من ولاية العهد، وجعلها لأبنه جعفر، وتوفي الهادي عام 170هـ -787م.

كـان الهـادي أكبرَ أخوتـه، وكـان أديـبًا فصيـحًا، تعـلوه الهيبـة، ولـه سطـوة وشهامة، وكان نقـش خـاتمه (الله ثقـة موسى وبـه يؤمـن) وقد اشتُهر بكـرمه وجـزيلِ عطائـه. وقـامت فـي عصـره العـديـد من الثـورات والصـراعات الحربيـة الداخليـة والخارجيـة، وكـان من بينهـا ثورة الحسين بن علـي بن الحسـن الذي أعلن نفسه خليفة في المدينة.

​

قـامـت فـي عـصر الهـادي العـديد من الـثورات والصــراعـات الحـربيـة الداخـليـة والخارجـيـة، وكـان مـن بيـنـها ثــورة الحسـيـن بن علــي بـن الحسـن الـذي أعـلن نفـسـه خليـفـةً فـي المدينـة، وقـد تم قتل الحسين ورجاله، إلا أن ابن عم الحسين بن علي نجا من القتل وهرب للمغرب، وأسَّس هناك نواة الدولة الأدارسة.

قيــل في صفاته:
قال الذهبي: وكان يتناول المسكر ويلعب ويركب حماراً فارهاً ولا يقيم أبهة الخلافة وكان مع ذلك فصيحاً قادراً على الكلام أديباً تعلوه هيبة وله سطوة وشهامة.
وقال غيره: كان جباراً وهو أول من مشت الرجال بين يديه بالسيوف المرهفة والأعمدة والقسي الموترة فاتبعه عماله به في ذلك وكثر السلاح في عصره.

توفى الهادى فى ربيع الأول من هذه السنة، وصلى عليه أخوه هارون، ودفن فى قصر بناه وسماه: الأبيض بعيساباذ من الجانب الشرقى من بغداد، وكان له من الولد تسعة: سبعة ذكور وابنتان، فالذكور: جعفر، وعباس، وعبد الله، وإسحاق، وإسماعيل، وسليمان، وموسى الأعمى، الذى ولد بعد وفاته فسمى باسم أبيه.