ليس هناك أدلة من كتب المعاصرين القدامى المختصة بعلوم الرجال تدعي بإلحاد أو زندقة أبو بكر الرازي، أما في العصر الحديث فقد ظهرت عدة ادعاءات بكونه كان ملحدا بحجة أنه كان له مؤلفات ناقدة للأديان والأنبياء، وفي الغالب تعد تلك المؤلفات ملفقة، حيث أن المؤلفات المنسوبة إليه تحت مسميات «مخارق الأنبياء» و«حيل المتنبيين» و«نقض الأديان» غير معروفة بمصنفاته، وغالباً ما تم تلفيق تلك العناوين له من قبل المستشرقين، حيث أن أشهر كتبه مثل «إن للعبد خالقا» و«طبقات الأبصار» و«الطب الروحاني» تؤكد إسلامه.