غادر ابن إسحاق المدينة المنورة بصفة نهائية إلى العراق بعد قيام الدولة العباسية، وأرتحل إلى الكوفة سنة 134 هـ فسمع منه أهلها، فسمع منه المؤرخ أبو مخنف وتأثر، وفيها - الكوفة - ذاع صيته فاتصل به الأمراء والولاة. وفي سنة 141 هـ - وقيل قبيل ذلك - أقام ابن إسحاق فترة قصيرة في معية العباس بن محمد والي الجزيرة، ثم في سنة 142 هـ قصد أبو جعفر المنصور في الحيرة، فكتب لولده المهدي كتاب المغازي والسير ما بين (142 هـ - 760م/ و146 هـ - 763م)، وهو في الري. ثم عاد إلى بغداد بعد أن نزلها أبو جعفر المنصور للمرة الأولى، فأقام فيها إلى وفاته، وفي ذلك قال الحموي: «وكان محمد بن إسحاق مع العباس بن محمد بالجزيرة، وكان قصد أبا جعفر المنصور بالحيرة، فكتب إليه المغازي. فسمع منه أهل الكوفة لذلك السبب، وسمع منه أهل الجزيرة حين كان مع العباس بن محمد. وأتى الري فسمع من أهلها، فرواته من هذه البلدان أكثر ممن روى عنه أهل المدينة. وأتى بغداد فأقام بها إلى أن مات».
