ولي الخلافة بعد وفاة أبيه سنة 169 هـ. واتبع وصية أبيه أن يقوم بقتل الزنادقة فتتبعهم وقتل منهم خلقًا كثيرًا. وقامت في عصره العديد من الثورات والصراعات الحربية الداخلية والخارجية، كان من بينها ثورة الحسين بن علي بن الحسن الذي أعلن نفسه خليفة في المدينة، ولقد تم قمع هذه الثورة والقضاء على الحسين ورجاله في موقعة فخ، إلا أن ابن عم الحسين بن علي نجا من القتل وهرب إلى المغرب، وأسس هناك نواة الدولة الأدارسة.