يرى بعض المؤرخين أن الهادي اغتيل من قبل الخيزران بنت عطاء أم هارون الرشيد التي دست له السم، فلم يجدي السم في قتل الخليفة الشاب، إلا أنه أقعده طريح الفراش. ولم تتوقف عند ذلك، فأمرت جواريها أن يخنقنه، فقتل. بينما يرى آخرين أن الهادي أصابته قرحة هضمية، فمات منها ولا دخل للسم بذلك.