ونظراً لكثرة شيوخ البخاري واختلاف أمصارهم وجهاتهم فقد حصرهم المحدّثون كابن حجر العسقلاني في خمس طبقات:
الطبقة الأولى: من حدثه عن التابعين: مثل مكي بن إبراهيم وأبي عاصم النبيل والفضل بن دكين وغيرهم، وشيوخ هؤلاء كلهم من التابعين.
الطبقة الثانية: من كان في عصر هؤلاء لكن لم يسمع من ثقات التابعين: كآدم بن أبي إياس وسعيد بن أبي مريم وأمثالهم.
الطبقة الثالثة: هي الوسطى من مشايخه، وهم من لم يلق التابعين بل أخذ عن كبار تبع الأتباع: كسليمان بن حرب وعلي بن المديني ويحيى بن معين وأحمد بن حنبل وإسحاق بن راهويه وأمثال هؤلاء. وهذه الطبقة قد شاركه مسلم في الأخذ عنهم.
الطبقة الرابعة: رفقاؤه في الطلب وبعض شيوخه ممن سمع قبله قليلاً، كمحمد بن يحيى الذهلي وأبي حاتم الرازي وجماعة من نظرائهم، وإنما يخرج عن هؤلاء ما فاته عن مشايخه، أو ما لم يجده عند غيرهم.
الطبقة الخامسة: قوم في عداد طلبته في السن والإسناد، سمع منهم للفائدة: كعبد الله بن حماد الآملي وعبد الله بن أبي العاص الخوارزمي وحسين بن محمد القباني وغيرهم، وقد روى عنهم أشياء يسيرة. وعمل في الرواية عنهم بما روي عن وكيع قال: «لا يكون الرجل عالماً حتى يحدث عمن هو فوقه، وعمن هو مثله، وعمن هو دونه.»