أمام وطأة التعذيب، قيل أن عمار بن ياسر هاجر إلى الحبشة، وهو أمر مُختلف فيه. إلا أن المؤكد أنه هاجر إلى يثرب، ونزل على مبشر بن عبد المنذر، وقد روى الحكم بن عتيبة أن النبي محمد لما هاجر إلى يثرب، قدم يثرب ضحىً، فقال عمار: «ما لرسول الله ﷺ بُدٌّ من أن نجعل له مكانًا إذا استظل من قائلته ليستظل فيه، ويصلي فيه». فجمع عمار حجارة، فبنى مسجد قباء، فكان أول مسجد بُني، وكان بذلك عمار أول من اتخذ مسجدًا يُصلّي فيه. وفي يثرب، آخى النبي محمد بين عمار وحذيفة بن اليمان، كما شهد عمار مع النبي محمد غزواته كلها، وبيعة الرضوان.