انحاز عمار إلى جانب علي بن أبي طالب في حربه مع معاوية بن أبي سفيان حينما نشبت الفتنة بين المسلمين والتي قتل فيها الخليفة عثمان بن عفان، فشهد موقعة الجمل، وموقعة صفين، فكان يقاتل وهو شيخ طاعن في السن عمره 93 عامًا.
وقد قُتل عمار بن ياسر في موقعة صفين في صفر سنة 37هـ، وهو يقاتل في صفوف جيش علي بن أبي طالب.