مرض الرَّشيد في أثناء سيره لمُحاربة رافع بن الليث، والذي كان واليًا في البداية إلا أنه قاد انتفاضة ضد الخلافة العبَّاسيَّة في بلاد ما وراء النَّهر، وازدادت علَّته حتى وصل إلى طوس، ليتوفى في سنة 193 هـ / 809 م، وكان عمره 43 عامًا، وقد تولَّى ابنه محمد الأمين للخلافة من بعده، إلا أنه انشغل عن أعباء الحكم ولم يكترث، كما خلع أخاه المأمُون المُقيم في مرو من ولاية العهد لصالح ابنه مُوسى، ما تسبَّب بإشعال حربٍ بين الأخوين لنحو ثلاثة أعوام، ولم تنتهِ إلا بمقتل الأمين في سنة 198 هـ / 813 م، ودمار أجزاء واسعة من بغداد جراء الحصار من جيش المأمُون. حكم بعدها المأمُون واستأنف بناء بغداد وإكمال عصر النَّهضة والازدهار الذي بدأه الرَّشيد لتبلغ الدَّولة في زمنه مبلغًا كبيرًا من عصرها العلمي والثَّقافي الذَّهبي.