تختلف المصادر في تفصيل مقتل الحاكم، لكن هناك روايات كثيرة ترجح أنه كان ضحية مؤامرة دبرت ضده من أعدائه الكثيرين انتهت بمقتله، وإن كان متواتراً في الروايات السنية والقبطية قتله على يد أخته ست الملك لأسباب شخصية. كذلك حاول الحاكم تغيير نظام الورائة المعمول به كأصل من أصول المذهب الشيعي الإسماعيلي، فالإمامة لابد أن تكون في نسل علي بن أبي طالب دون غيرهم، وأن تنتقل من الأب للابن لأنهم كانوا يعتقدون أن للإمامة صفات وعلوم خاصة لابد أن تنتقل بالوراثة، وقد التزم الفاطميون منذ إنشاء دولتهم بهذا النظام، لكن الحاكم حاول مخالفة هذا المبدأ فأوصى بولاية العهد لابن عمه عبد الرحيم بن إلياس، وأخذ له البيعة على جميع رجال الدولة، ودعا له بمكة وأمر الناس بالسلام عليه بأن يقولوا «السلام على ابن عم أمير المؤمنين وولي عهد المسلمين» وأصدر أوامره بأن يضرب اسمه بجانب اسم الخليفة على العملة. ولم تؤدِّ محاولته هذه سوى لانقسام خطير انتهى بمقتله ومقتل ابن عمه.