يروي العالم الراحل أنه تم تقديمه إلى المحاكمة بناء على طلب من عبدالناصر، بعدما كتب سلسلة من المقالات جمعها في كتابه "الله والإنسان" واعتبروها قضية كفر واكتفت المحكمة بمصادرة الكتاب دون أن توضح أسباب الحكم، وعقب رحيل عبد الناصر أبلغ الرئيس الراحل أنور السادات مصطفى محمود عن إعجابه بالكتاب فطبعه من جديد تحت عنوان "حوار مع صديقي المُلحد" وهو ما أثار الجدل ضده مجددا وتم اتهامه بالإلحاد كما أثارت مقالات أخرى له جدلا كبيرا وطالته اتهامات بإنكار الشفاعة والتشكيك في القرآن الكريم، والأحاديث النبوية.