كان لاغتيال فارس الدين أقطاي وفرار البحرية نتائج داخلية هامة منها بزوغ نجم الأمير سيف الدين قطز الذي أصبح أقرب المماليك إلى أيبك وأحبهم إليه، ومنها انقسام المماليك منذ ذلك الحين إلى فريقين هما المماليك البحرية والمماليك المعزية.
في عام 1255 تمرد شبيه اسمه عز الدين أيبك الأفرم وهو من المماليك الصالحية على السلطان أيبك وسار إلى الصعيد وقام بجمع الأعراب فسيّر إليه أيبك العسكر بقيادة وزيره الأسعد شرف الدين الفائزي الذي تمكن من اخماد التمرد.