حرق الأسطول الإسلامي
من الأمور التي كانت محل الجدل فيما يرتبط بتاريخ طارق بن زياد، مسألة حرقه للسفن التي عبر عليها للأندلس ليقطع طريق العودة على جنوده، ويدفعهم للإستبسال في القتال أمام العدو، وهي رواية محل شك نظرًا لكونها لم تذكر في الروايات العربية إلا في كتاب نزهة المشتاق في اختراق الآفاق للإدريسي الذي عاش بعد الفتح بنحو خمسة قرون. وكذا مسألة خطبته التي قالها قبل معركة وادي لكة، والتي قال فيها:

مائدة الذهب
القصة الأكثر انتشارا فيما يتعلق بالعداوة بين طارق وموسى، تتعلق بمائدة من الذهب مرصعة بالأحجار الكريمة، نسبتها المصادر العربية إلى النبي سليمان بن داود، التي استولى عليها طارق في غزواته، وانتزع منها إحدى أقدامها. اتهم موسى طارقًا في تلك القدم، فأنكر طارق ذلك. وأمر موسى باستبدالها بقدم أخرى من الذهب. وقد دخل موسى بتلك المائدة على الخليفة في دمشق. وأمام الخليفة، إدعى موسى بأنه من عثر عليها، غير أن طارق فنّد الادعاء حين أظهر القدم الأصلية أمام الخليفة. لم ترد القصة في فتوح البلدان للبلاذري، الذي ذكر فقط أن موسى دخل بالمائدة على الخليفة.

العلاقة مع موسى بن نصير
هناك خلاف حول طبيعة العلاقة التي كانت بين طارق بن زياد وموسى بن نصير. فبعض المؤرخين، رجحوا وجود علاقة حقد وحسد من جهة موسى تجاه طارق بن زياد، بعد نجاحه في غزو الأندلس. في حين لم يرجح بعضهم وجود تلك الضغائن بين الاثنين. وقد ذكر ابن عبد الحكم أن موسى غضب على طارق، وسجنه وهمّ بقتله لولا شفاعة مغيث الرومي مولى الوليد بن عبد الملك، وأن استدعاء الخليفة الوليد للرجلين، كان بسبب ذلك. كما ذكر صاحب أخبار مجموعة في فتح الأندلس، عندما التقى طارق بموسى في الأندلس، نزل عن جواده احترامًا له، بينما وضع موسى السوط على رأسه، وأنبه على مخالفته أمره. في حين ذكر البلاذري أن موسى عنّف طارق في خطاب أرسله إليه ينهاه أن يتجاوز قرطبة، إلا أنهما تصالحا بعد ذلك.

وعندما تولّى سليمان الخلافة، عزل موسى وأولاده، وقتل ابنه عبد العزيز بن موسى الذي شارك في فتح الأندلس. أمَّا طارق بن زياد فقد انقطعت أخباره إثر وصوله إلى الشام، واضطربت أقوال المؤرخين في نهايته، غير أن الراجح أنه لم يولَّ عملا بعد ذلك، ويبدو أنَّه آثر أن يعيش بعيدًا عن الأضواء، ويُمضي أيَّامه في العبادة والزهد بعيدًا عن مسرح الشهرة وضجيج السياسة، وقد توفي سنة 720م.

نهايته
عام 95هـ، وبعد أن فتحا مناطق واسعة من شبة الجزيرة الأيبيرية، جاءت رسل الخليفة الوليد بن عبد الملك تستدعي موسى بن نصير وقائده طارق بن زياد إلى دمشق، لينتهي بذلك دورهما كقادة عسكريين في فتح الأندلس. ويُرجّح عدد من المؤرخين سبب استدعائهما إلى دمشق من قبل الخليفة إلى خِلافٍ وقع بينهما وبلغ حدَّة كبيرة دفعت الخليفة إلى استدعائهما إلى دمشق ليحسم الخلاف بنفسه. توجه طارق بن زياد بصحبة موسى بن نصير إلى دمشق ومعه أربعمائة من أفراد الأسرة المالكة وجموع من الأسرى والعبيد والعديد من النفائس. ولمَّا وصلا طبريَّا في فلسطين، طلب منهما سليمان بن عبد الملك ولي العهد التأخّر حتى يموت الخليفة الوليد الذي كان يصارع الموت. لكنهما تابعا تقدّمهما ودخلا مع الغنائم إلى دمشق.