في العلوم العملية
وتشتمل على كتب الأخلاق، وتدبير المنزل، وتدبير المدينة، والتشريع، ومنها كتاب السياسة لابن سينا.

في العلوم النظرية
تشتمل على كتب العلم الكلّي، والعلم الإلهي، والعلم الرياضي، والطب النفسي

في العلوم الآلية
تشتمل على كتب المنطق، وما يلحق بها من كتب اللغة والشعر والعلوم والطب، ومن آثاره اللغوية.

مؤلفاته ومآثرة
في الفلسفة
الإشارات والتنبيهات : في كتابه كتاب الإشارات الذي ذهب فيه مذهب أرسطو وقربه قليلاً إلى الأديان، فهو مؤسس الاتجاه الفلسفي الذي تحدى العقيدة وفكرة النبوة والرسالة في الإسلام وكان يقول بقدم العالم وإنكار المعاد ونفي علم الله وقدرته وخلقه العالم وبعثه من في القبور.
وذهب ابن سينا مذهب الفلاسفة من أمثال الفارابي أبي نصر التركي الفيلسوف، وكان الفارابي يقول بالمعاد الروحاني لا الجثماني، ويخصص بالمعاد الأرواح العالمة لا الجاهلة، وله مذاهب في ذلك يخالف المسلمين والفلاسفة من سلفه الأقدمين، وأعاد تلك الفكرة ابن سينا ونصره.
لا شك أن صحبته لفلاسفة الباطنية (أبو عبد الله النائلي الذي علمه بصغره) قد أثرت في تفكير ابن سينا، وهيأته للدور الذي لعبه في تنشيط تيار الفلسفة واتخاذها موقف التحدي للعقيدة الإسلامية، ومثال على ذلك «نظرية المعرفة» والتي ساوى فيها الفلاسفة مع الأنبياء، وقد خص الفلاسفة بميزة أخرى وهي أن الفلاسفة استمروا في رسالتهم وارتقاء معارفهم في الوقت الذي ختمت النبوة بمحمد.
وكان اتباعه يدعون بـ «الألى» وقالوا مقالته ومن أشهرهم النصير الطوسي واسمه محمد بن عبد الله ويقال له الخواجا نصير الدين، الذي انتصر لمذهب ابن سينا والذب عنه وشرح إشاراته وكان يسميها «قرآن الخاصة»، ويسمي كتاب الله «قرآن العامة»، ورد على الشهرستاني في مصارعته ابن سينا بكتاب سماه مصارعة المصارع. كتاب الشفاء وهو في أربعة أقسام، المنطق، الرياضي، الطبيعي، الإلهي يعتبر موسوعة كبرى في العلوم الطبيعية وما بعد الطبيعة اشتهرت في القرن العاشر الميلادي. أراد ابن سينا أن يغطي به كل ما شملته علوم ما بعد الطبيعة في ذلك الوقت. ويبين ابن سينا الغرض من هذا الكتاب فيقول: «فإن غرضنا في هذا الكتاب الذي نرجو أن يمهلنا الزمان إلى ختمه، ويصحبنا التوفيق من الله في نظمه، أن نودعه لباب ما تحققناه من الأصول في العلوم الفلسفية المنسوبة إلى الأقدمين... وتحريت أن أودعه أكثر الصناعة، وأن أشير في كل موضع إلى موقع الشبهة وأحلها لإيضاح الحقيقة بقدر الطاقة. واجتهدت في اختصار الألفاظ جدا ومجانبة التكرار أصلا إلا ما يقع خطأ أو سهوا. ولا يوجد في كتب القدماء شيء يعتد به إلا وقد ضمناه كتابنا هذا، وقد أضفت إلى ذلك ما أدركته بفكري وحصلته بنظري وخصوصا في علم الطبيعة وما بعدها»
النجاة في المنطق والإلهيات
يتطرق ابن سينا في كتابه هذا إلى علم المنطق والطبيعيات، ثم الهندسة والحساب، فبعضا من علم الفلك، ليختمه بالعلم الإلهي وسبل النجاة في الحياتين الدنيا والآخرة. قد أورد في مقدمته «أن طائفة من الإخوان الذين لهم حرص على اقتباس المعارف الحكمية سألوه أن يجمع لهم كتاباً يشتمل على ما لا بد من معرفته لمن يؤثر أن يتميز عن العامة وينحاز إلى الخاصة ويكون له بالأصول الحكمية إحاطة وسألوه أن يبدأ فيه بإفادة الأصول من علم المنطق ثم يتلوها بمثلها من علم الطبيعيات ثم يورد من علمي الهندسة والحساب ما لا بد منه لمعرفة القدر الذي يقرن بالبراهين على الرياضيات ويورد بعده من علم الهيئة ما يعرف به حال الحركات والأجرام والأبعاد والمدارات والأطوال والعروض دون الأصول التي يحتاج إليها في التقاويم وما تشتمل عليه الزيجات مثل أحوال المطالع والزوايا وتقويم المسير بحسب التاريخ إلى غير ذلك وأن يختم الرياضيات بعلم الموسيقى ثم يورد العلم الآلهي على أن يبين وجهه ويوجزه ويذكر فيه حال المعاد وحال الأخلاق والأفعال النافعة فيه لدرك النجاة من الغرق في بحر الضلالات فأسعفهم بذلك وصنف الكتاب على نحو ملتمسهم، فبدأ بإيراد الكفاية من صناعة المنطق لأنه الآلة العاصمة للذهن عن الخطأ فيما نتصوره ونصدق به والموصلة إلى الاعتقاد الحق بإعطاء أسبابه ونهج سبله».

قصيدته العينية في النفس
والتي يقول أول أبياتها:
هبطت إليك من المحل الأرفع
ورقاء ذات تعزز وتمنع.
محجوبة عن كل مقلة عارف،
وهي التي سفرت ولم تتبرقع.
وصلت على كره إليك، وربما
كرهت فراقك، وهي ذات تفجع.
أنفت وما أنست، فلما واصلت
ألفت مجاورة الخراب البلقع.
المسألة غامضة عند ابن سينا ولكن ربما قصيدته العينية هي التي تعبر أكثر من غيرها عن رأي ابن سينا في المسائل الثلاث. قصيدته مكونة من4 أقسام.
يشير ابن سينا في قسمها الأول من أين جاءت النفس ويقول أنها جاءت من محل أرفع أي من فوق وأتت رغما عنها وكارهة لذلك، ثم تتصل بالبدن وهي كارهه لكنها بعد ذلك تألف وجودها بالبدن، وتألف البدن لأنها نسيت عهودها السابقة كما يقول في قصيدته، إذن فهو يقول هبطت النفس من مكان رفيع، كرهت وأنفت البدن، ثم ألفته واستأنسته، ثم رجعت من حيث أتت وانتهت رحلتها والآن في القسم الأخير من القصيدة يبدأ ابن سينا يتساءل لماذا؟ فيجيب أنها هبطت لحكمة إلهية، هبطت لا تعلم شيء لتعود عالمة بكل حقيقة ولكنها لم تعش في هذا الزمن إلا فترة.

البراهين على وجود النفس عند ابن سينا:
برهن ابن سينا على وجود النفس عن طريق:
1- البرهان الطبيعي :
ويعتمد هذا البرهان على مبدأ الحركة والتي هي نوعان:
حركة قسرية: ناتجة عن دفعة خارجية تصيب جسما فتحركه
حركة لاقسرية: وهذا ما عناها ابن سينا وهي أنواع:
منها ما يحدث على مقتضى الطبيعة كسقوط حجر من الأعلى إلى الأسفل
منها ما يحدث ضد مقتضى الطبيعة وهنا يكمن «البرهان»
كالإنسان الذي يمشي على وجه الأرض مع أن ثقل جسمه يدعو إلى السكون، هذه الحركة المضادة للطبيعة ولقوانينها تستلزم محركا خاصا زائدا على عناصر الجسم المتحرك ألا وهي (النفس)
2- البرهان النفسي:
ويقوم هذا البرهان على الأفعال الوجدانية والإدراك، فالإنسان يمتاز عن الحيوان بأنه يتعجب ويضحك ويبكي، كما أنه من أهم خواصه: الكلام واستعمال الرموز والإشارات وإدراك المعاني المجردة واستخراج المجهول من المعلوم. هذه الأفعال والأحوال هي مما يختص به الإنسان، وهي ليست راجعة للبدن، بل هي قوة مستقلة كما قال ابن سينا شيء آخر لك ان تسميه النفس. وهذا الجوهر الذي يتصرف في أجزاء بدنك هو فيك واحد وهو أنت بالتدقيق.

ونعني في التعريف السابق أن النفس عند ابن سينا 3 نباتية/حيوانية/إنسانية.
كمال أول: تعني مبدأ أول
ذي حياة بالقوة: يعني لدينا جسم مستعد وطبيعي لتقبل الحياة
مبادئ النفس النباتية: تنمو وتتوالد وتتغذى ولا يفعل النبات أكثر من ذلك.
مبادئ النفس الحيوانية: تدرك الجزئيات (مثلا يدرك أفعى أمامه/ إنسان أمامه) يتحرك بالإرادة أي فيه إرادة توجهه (مثلا الأسد بإرادته ممكن أن يقفز على إنسان ويبتلعه).
مبادئ النفس الإنسانية: تدرك الكليات، اختيار فكري أي الحرية الفكرية التي نتوجه لها للاختيار من بين بدائل مختلفة.
تصور ابن سينا لأصل النفس:
من أين جاءت ؟
علاقة النفس بالبدن.
مصير النفس.

تعريفه للنفس:
أهمية ابن سينا الفلسفية تكمن في نظريته في النفس وأفكاره في فلسفة النفس، مقدمات ابن سينا في النفس هي مقدمات أرسطية.
تعريف ابن سينا للنفس: النفس كمال أول لجسم طبيعي آلي ذي حياة بالقوة أي من جهة ما يتولد (وهذا مبدأ القوة المولدة) ويربو (وهذا مبدأ القوة المنمية) ويتغذى (وهذا مبدأ القوة الغاذية) وذلك كله ما يسميه بالنفس النباتية. وهي كمال أول من جهة ما يدرك الجزئيات ويتحرك بالإرادة وهذا ما يسميه بالنفس الحيوانية. وهي كمال أول من جهة ما يدرك الكليات ويعقل بالاختيار الفكري وهذا ما يسميه النفس الإنسانية.

معارضوه
كان ابن سينا عالماً عارفاً وخاض بالمسائل الجوهرية للمجتمع الإسلامي، هذا التيار الذي بدأ يترسخ بعد أربعة قرون من بداية الإسلام، فعلى سبيل المثال نوقشت أفكار ابن سينا من قِبل الغزالي في كتابه المنقذ من الضلال، وكرر نفس الدلائل ابن كثير في كتابه البداية والنهاية. وكذلك ابن العماد الحنبلي في شذرات الذهب الذي قال : إنّ كتابه الشفاء اشتمل على فلسفة لا ينشرح لها قلب متدين. أما ابن تيمية الذي ذهب بعيداً في أفكاره فقد أكد أنه كان من الإسماعيلية، وهي عنده تهمة. وقال فيه ابن القيم في نونيته:
وقضى بأنَّ الله يجعل خلقه عدماً ويقلبه وجـوداً ثـاني
العرش والكرسـي والأرواح و الأملاكُ والأفـلاكُ والقمـرانِ
والأرض والبحر المحيط وسائر الأشياء الأكوانِ من عرض ومن جثمانِ
كلٌّ سيفنيـه الفنـاءُ المحـض لا يبقـى له أثــر كظـلٍّ فانِ
ويعيـد ذا المعـدوم أيضاً ثانياً محض الوجـود إعادة بزمانِ
هـذا المعـاد وذلك المبدأ لدى جَهم وقـد نسبـوه للقرآنِ
هـذا الذي قاد ابن سينا والألى قالـوا مقالتَـةُ إلى الكفرانِ

كتب ابن سينا على نطاق واسع عن الفلسفة الإسلامية المبكرة، لا سيما في موضوعات المنطق، والأخلاق، والميتافيزيقيا، بما في ذلك الأطروحات المسماة المنطق والميتافيزيقيا. معظم أعماله كانت مكتوبة باللغة العربية - التي كانت لغة العلم في الشرق الأوسط - وبعضها باللغة الفارسية. من الأهمية اللغوية حتى يومنا هذا بعض الكتب التي كتبها بلغة فارسيّة تقريبًا (لا سيما دانيشنامه - علاء، فلسفة علاء الدولة). غالباً ما تنتقد تعليقات ابن سينا على أرسطو الفيلسوف، لتشجيع نقاش حي بروح الاجتهاد.
أصبح مخطط ابن سينا للأفلاطونية لـ «الانبثاق» أساسيًا في الكلام (مدرسة الخطاب اللاهوتي) في القرن الثاني عشر.
أصبح كتابه للشفاء متاحًا في أوروبا بترجمة لاتينية جزئية بعد حوالي خمسين عامًا من كتابته، تحت عنوان Sufficia، وقد حدد بعض المؤلفين «علم الطيور اللاتينية» بأنه مزدهر لبعض الوقت، موازٍ لطبقة الشهية اللاتينية الأكثر تأثيراً المراسيم الباريسية لعام 1210 و1215.
أثر علم النفس لدى ابن سينا ونظرية المعرفة على ويليام أوفيرن، أسقف باريس وألبرتوس ماغنوس، بينما أثرت الميتافيزيقيا في فكر توماس أكويناس.