في عام 1009 أجبر المسيحيين واليهود على ارتداء ربطة على اعناقهم في الحمامات، معلق عليها صليب للمسيحيين وجرس لليهود، وتم تدنيس المدافن المسيحية، وإيقاع العقاب على عدد من الموظفين المسيحيين مما دفع العديد منهم إلى دخول الإسلام خوفاً. ويذكر دانا أن هذه السياسة نالت بشكل عام رضى المسلمين، الذين كرهوا المسيحيين بسبب أعمال المحاباة من قبل الموظفين المسيحيين.

من عام 1007 إلى عام 1012 «كان هناك موقف متسامح بشكل ملحوظ تجاه أهل السنَّة والجماعة وموقف أقل حماسي للإسلام الشيعي، في حين أن الموقف فيما يتعلق» بأهل الكتاب«كان معاديًا». وفي 18 أكتوبر من عام 1009، أمر الحاكم بأمر الله تدمير كنيسة القيامة والمباني المرتبطة بها، حيث يقال أن الحاكم بأمر الله غضب مما اعتبره خدعة يمارسها الكهنة، وهي تلك المتعلقة بنزول «النار المقدسة».

كان الحاكم مسرفا في القتل إلى مدى كبير لكى يحفظ دولته ويصلح شئونها وكان شديدا في التعامل مع رجال دولته وكان يحاسبهم بشدة إذا أخطأوا. كما أنه اعتمد على نظر المظالم لتطهير دولته من الفساد. وكان يواصل ركوبه ليلا ونهارا على حماره ويطوف به في الأسواق والقرى لكى يسمع مظالم الناس. وقد ورث الحاكم عن أبيه العزيز بالله حرصه على توزيع المال على الفقراء والمساكين.

أهم المراسيم التي أصدرها:
قرئ سجل في الأطعمة بالمنع من أكل الملوخية والبقلة المسماة بالجرجير والمتوكلية المنسوبة إلى المتوكل.
المنع من عجن الخبز بالرجل والمنع من أكل الدلنيس والمنع من ذبح البقر التي لا عاقبة لها إلا في أيام الأضاحي وما سواها من الأيام، ولا يذبح منها إلا ما لا يصلح للحرث.
وقرئ سجل آخر بأن يؤذن لصلاة الظهر في أول الساعة السابعة (زوالية) ويؤذن لصلاة العصر في أول الساعة التاسعة (زوالية).
إصلاح المكاييل والموازين والنهي عن البخس فيهما، والمنع من بيع الفقاع وعمله ألبتة لما يؤثر عن علي من كراهة شرب الفقاع.

يعتبر جامع الحاكم بأمر الله رابع أقدم المساجد الجامعة الباقية بمصر، وثاني أكبر جوامع القاهرة إتساعًا بعد جامع أحمد ابن طولون. أمر بإنشائه الخليفة العزيز بالله الفاطمي في سنة 380هـ /990م وتوفي قبل إتمامه فأتمه ابنه الحاكم بأمر الله 403هـ/ 1013م .

نتج عن معركه السواقي :

لم يجد القوط ملكا يلتفون حوله لمقاومة المسلمين.
استعادة فتح مدينتي طليطلة وإشبيليا بعد أن نقض أهلها العهد بالمسلمين.
تحجيم خطر المقاومة القوطية، وفتح المجال لاستكمال الفتوحات الإسلامية بالشمال نحو بلاد الغال.

معركه السواقي :-
استغل القوط في هذه المعركة الطبيعةَ الجبلية الوعرة للمنطقة؛ خصوصًا بعد خسارة لذريق لجل قواته في معركة وادي لكة وما تلاها؛ فكان لابد له من اتباع إستراتيجية معينة تمكنه من استعادة قوته ولكي ينتصر على جيش المسلمين، وما أن وصل المسلمون إلى السواقي حتى انقض عليهم جيش القوط ووقع قتال شديد بين الطرفين؛ ففي بداية المعركة كان المسلمون في وضع دفاعي، ثم قاموا بشن هجوم مضاد مكنهم من الانتصار على القوط وسحقهم.

معركة السواقي هي معركة وقعت بين المسلمين والقوط في منطقة يسميها المؤرخون المسلمون: (السواقي)، وتقع هذه المنطقة بين ماردة وطيطلة، وكان تعداد جيوش المسلمين (18000 مقاتل بقيادة موسى بن نصير، بينما لم تذكر المصادر تعداد جيش القوط، وإنما ذكرت أن هذا الجيش كان من بقايا فلول القوط الهاربين من المعارك السابقة لمعركة السواقي.

وفاته :
وقد خرج مع الخليفة سليمان بن عبد الملك للحج عام 97 هـ، ومات في الطريق في وادي القرى أو بمر الظهران، وصلى عليه مسلمة بن عبد الملك. وإلى جانب مواهبه العسكرية والإدارية، كان موسى بليغًا في النثر والنظم.

أجبر على اليهود ارتداء قلادة العجل الخشبية والمسيحيين صليب حديد. في الحمامات العامة، أجبر على اليهود استبدال العجل بجرس. بالإضافة إلى ذلك، أجبرت النساء من «أهل الكتاب» ارتداء حذائين مختلفين، أحدهما باللون الأحمر وواحد باللون الأسود. وظلَّت هذه الممارسة حتى عام 1014.