المنطق
رغم اتباع الفارابي لمذهب أرسطو في المنطق إلاّ أنّه امتلك أفكاراً من المذاهب المنطقية الأُخرى فناقش قضية الإحتمالات المستقبلية ونظرية الأعداد والجموعات وعلاقة المنطق بعلمِ النحو إضافةٍ لاهتمامه بأساليب الإستدلال لدى أرسطو ويُرجح أن الفارابي أول من قسم المنطق لجزأين الأول هو «الفكرة» والثاني هو «البرهان»، ناقش الفارابي أيضا نظريات الأقيسة الشرطية والإستدلال التشبيهي وأضاف للمذهب الأرسطي مفهوم القياس الشاعري وقد ذكر ذلك في تعليقاته على كتاب أرسطو «فن الشعر»

كتب الفارابي تعليقات على أعمال أرسطو، كما وناقش في كتاب «آراء أهل المدينة الفاضلة ومضاداتها» تصوراً عن المدينة المثالية كما فعل أفلاطون في «الجمهورية». واعتبر أن الأديان توصل الحقائق لعامة الناس في صورة رموز وحكايات ورأى كذلك أنه من واجب الفيلسوف أن يقدّم النصيحة والتوجيه للدولة وقد اتفق في هذا أفلاطون، فقد ناقش الفارابي منظور أفلاطون واشتق منه وجهة نظر موازية ومتوافقة مع السياق الإسلامي، حيث رأى أن مدينته الفاضلة يجب أن يحكمها نبي إمام، عوضًا عن الملك الفيلسوف الذي فضله أفلاطون.

جادل الفارابي والدارسين لمنهجه من بعده بأنّه في مدينته الفاضلة كان يقصد المدينة المنورة حينما كان يحكمها النبي محمد بصفته ولي عهد المسلمين وهو على تخاطب مستمر مع الله حيث يبلغه من آن إلى آخر بأحكامه وقوانينه.

كان لأعمال الفارابي عظيم الأثر على العلوم الطبيعية والفلسفة لعدة قرون فقد نُعتَ من الكثيرين بأعلم الناس في زمانه بعد أرسطو وهذا ما يشير له لقب المعلم الثاني وقد مهدت أعماله الساعية للتوحيد بين الفلسفة والتصوف الطريق أمام أعمال ابن سينا.

الفلسفة
أنشئ الفارابي ما يُعتبر المنهج الأول في الفلسفة الإسلامية وقد عُرف باسم «الفارابية» لكن سمعة المنهج بدأت بالتضاؤل بعد ظهور منهج ابن سينا، وُصف منهج الفارابي بأنّه مُنسلخ عن منهج الفلاسفة اليونانيين بخاصة أفلاطون وأرسطو وانتقل من الميتافيزيقيا إلى المنهج العلمي.

وحّد الفارابي بين النظرية والتطبيق ولكن سياسياً دعى إلى تحرير التطبيق من قيود النظرية، وقد احتوت معتقداته المُستحدثة عن الأفلاطونية ما هو أعمق من الميتافيزيقيا فأثناء محاولاته التحقيق في المُسبب الأولي للوجود واجه الفارابي حقيقة قصور المعرفة البشرية

وفاته:
معظم المؤرخين ذكروا أن وفاة الفارابي كانت عن عمرٍ يناهز التسعة والسبعين أو الثمانين عام تقريباً في العام 339 هـ وقد دُفِن في دمشق وقد صلى عليه سيف الدولة الحمداني في أربعة عشر أو خمسة عشر من خواصه ودلّ كلام المؤرخين على أن وفاته كانت طبيعية.

يقع ضريح الفارابي في مقبرة الباب الصغير في دمشق التي تحوي عدداً من أضرحة أهل البيت والشعراء والعلماء والحكماء المسلمين وقد كُتب على الضريح: هذا ضريح العالم والفيلسوف والأديب والموسيقي الإسلامي محمد بن طرخان بن أوزلغ المشهور بأبي نصر الفارابي.

حياته وتلمذته
بدأ الفارابي بدراسة العلوم في مسقط رأسه حيث درس العلوم والرياضيات والآداب والفلسفة واللغات فبرع في اللغة التركية التي يُعتقد أنّها لغته الأساسية إضافة للغات العربية والفارسية واليونانية.

حوالي عام 310هـ غادر مسقط رأسه قاصداً العراق لإكمال ما بدأ بدراسته في مسقط رأسه إضافةً لعلومٍ أُخرى فدرس في حران الفلسفة والمنطق والطب على يد الطبيب يوحنا بن حيلان بعدها ذهب لبغداد ودرس فيها الفلسفة والمنطق على يد أبي بشر متى بن يونس الذي كان من أشهر المترجميين عن اللغة اليونانية إضافة لتعلمه على يد ابن السراج اللسانية العربية.

كما ودرس الموسيقى وأتم دراسة الطب والرياضيات في عمرٍ متقدمة فقد كان مولعاً بالأسفار في طلب العلم ونشره ونعرفة شؤونه فانتقل من العراق إلى بلاد الشام حوالي 330 هـ وبقي متنقلاً بين مدن الشام خصوصاً حلب عاصمة الحمدانيين ودمشق وقد عاش في ظلال سيف الدولة مقبلاً على العلم وغير منقطعٍ عنه، في الأرجح فإنّه سافر إلى مصر عام 338هـ قبل أن يعود إلى دمشق حيث وافته المنية سنة 398هـ.

كان الفارابي يميل إلى العزلة فقضى معظم أوقاته في دمشق في البساتين وعلى ضفاف المياه كما يذكر ابن خلكان في كتاب وفيات الأعيان فلا يجدوه إلاّ عند مشتبك رياض حيث يجلس ويؤلف بحوثه ويقصده التلاميذ والمساعدين.

ديانته
وجد هنري كوربان في كتاباته أدلة تدعم الرأي السائد في إيران بأن الفارابي كان شيعياً، وكما يرى وجود شبه كبير بين ما يسميه الفارابي «الفلسفة النبوية» مع تعاليم الأئمة الشيعة. وقد رأى أيضاً فوزي النجار أن فلسفة الفارابي السياسية تأثرت بالتعاليم الشيعية. تعتقد (نادية مفتوني) بوجود الجوانب الشيعية في كتابات الفارابي على حدّ تعبيرها، وتقول بأنّه كان يؤمن في كُتبه «الملاح» و«السيارة المدنية» و«تحسين السعادة» بالطوباوية التي يحكمها النبي وخلفاؤه: الأئمة. ومن جهة ثانية يؤكد محسن مهدي أنه كان حنفياً، ملتزما بقواعد الفقه الحنفي

تعليمه
قضى الفارابي حياته كلها تقريباً في بغداد، وقد بدا ذلك واضحاً في السيرة التي كتبها ابن أبي أصيبعة حيث ذكر ان الفارابي تعلّم الطّب والفلسفة من الطّبيب يوحنّا بن حيلان بما في ذلك تحليلات أرسطو اللاحقة، وبـحسب ترتيب الكتب التي درست في المنهج فإن الفارابي شرح كتاب إيساغوجي لفرفوريوس وكتاب المقولات لأرسطوطاليس، إضافةً لكتاب العبارة وكتاب القياس والبرهان. كان معلمه بن حيلان رجل دين نسطوري على الأرجح، وبقي طوال هذه الفترة في بغداد حيث سجل المسعودي أنّه بعد وفاة يوحنّا في عهد المقتدر (295-320 / 908-32).كان الفارابي في بغداد على الأقل حتى نهاية أيلول (سبتمبر) 942 كما هو مسجل في ملاحظاته التي كتبها في عمله آراء أهل المدينة الفاضلة، والذي أنهى كتابته في دمشق في العام التالي (331) أي بحلول أيلول (سبتمبر) 943. درس أيضًا في تطوان بالمغرب وعاش ودرّس لبعض الوقت في حلب. زار الفارابي مصر في وقت لاحق، وأنهى ستة أقسام تلخص كتاب مبادئ الفلسفة القديمة عام 337 ما يقارب 948م. في يونيو 949 عاد إلى سوريا حيث كان يتلقى دعماً كبيراً من سيف الدولة الحمداني، ويقول المسعودي في كتابه الذي صدر بعد خمس سنوات تقريباً عام 955-956 بعنوان تاريخ تكوين الطنبوح أن الفارابي توفي في دمشق في رجب 339 (بين 14 ديسمبر 950 و12 يناير 951).

بعد قيام المماليك البحرية بقتل سلطانهم تورانشاه أصبح هناك فراغ في الحكم، حيث لا يوجد بديل من أسرة بني أيوب لحكم مصر، وعليه اختار أمراء المماليك ومن بينهم قطز زوجة سيدهم شجر الدر ملكة على الديار المصرية، وأُخذت البيعة للسلطانة الجديدة في شهر صفر 648 هـ الموافق مايو 1250، وما إن تولت مقاليد الحكم حتى لاقت الرفض من الخليفة العباسي في بغداد، وقام العلماء ينددون بتنصيبها في المنابر، وتفجرت الثورات في العالم الإسلامي، فما كان من شجر الدر إلى التنازل بالحكم لأحد أمراء المماليك البحرية، بعد أن حكمت مصر ثمانين يوماً.

قدم مؤرخ القرون الوسطى ابن خلكان (توفي عام 1282)، أقدم مرجع يشير إلى أن الفارابي من أصل تركي وقد ذكر في كتابه وفيات الأعيان وأنباء أبناء الزمان (اكتمل في 669/1271)، أن الفارابي ولد في قرية واسيج الصغيرة بالقرب من فراب (اليوم فاراب، كازاخستان) من أبوين تركيين، بناءً على هذه الرواية اعتبر بعض العلماء المعاصرين إنه من أصل تركي. ينتقد ديمتري غوتاس المستعرب الأمريكي من أصول يونانية ذلك قائلاً إن رواية ابن خلكان تستهدف الروايات التاريخية السابقة لابن أبي أصيبعة وتساعد على «إثبات» أن الفارابي من أصل تركي، فمثلاً بذكر النسبة الإضافية (اللقب) «الترك» (عرب. «الترك») - لم تكن هناك نسبة للفارابي. إلا أن أبو الفداء الذي قلد ابن خلكان صححَ هذا الأمر وغيّر عبارة التركي إلى عبارة «وكنا رجلان تركيان»، أي «كان رجلاً تركياً». في هذا الصدد، يُلاحظ الأستاذ كليفورد إدموند بوزورث في جامعة أكسفورد أن «الشخصيات العظيمة مثل الفارابي والبيروني وابن سينا قد ارتبطوا بعلماء أتراك متمسكين بعرقهم».