من ناحية الجانب الفني والأدبي، كتب الدكتور الراحل مجموعة من الأشكال الأدبية ما بين الرواية والمسرح والقصص القصيرة وتجسدت في أعمال مثل شلة الأنس والعنكبوت والمستحيل وغيرها. تعد «شلة الأنس» هي مجموعة قصصية صدرت عام 1962، تبرز شخصيات واقعية شعبية، تجتمع كل يوم وقت العصاري، يدخنون المعسل والجوزة ويتحدثون في الفن والاختراعات، وتحولت الرواية إلى فيلم سينمائي يحمل نفس الاسم في عام 1976. ولعب بطولة الفيلم كلا من نور الشريف وعزت العلايلي ونيللي وهدى سلطان، وآخرين، وبعدها كتاب «العنكبوت» وهي من أشهر رواياته وصدرت عام 1965 وهي رواية فلسفية لا تخلوا من لمسة خيال علمي وتناقش فكرة مصير الروح وارتباطها بالإنسان وماذا يحدث بعد الموت، وثم تقديم الرواية في مسلسل عام 1973 ولعب بطولته كلا من عزت العلايلي ومحمود المليجي، ومديحة كامل وآخرين.

تمركزت جهود مصطفى محمود حول توضيح خطر الصهيونية، ووظف لها -فضلا عن مقالاته- 9 كتب أصدرها خلال حقبة التسعينيات، تتضمن أطروحاته الفلسفية تجاه جذور الخطر وحاضره ومآلاته. ولعل هذا المجهود الفكري من جانب مصطفى محمود هو ما دفع أسرته وعددا من متتبعي سيرته لاتهام إسرائيل بالوقوف وراء منع صاحب «العلم والإيمان» من استكمال برنامجه الشهير بالتلفزيون المصري، فضلا عن حظر مقالاته في الصحف، ففي كتابه «إسرائيل البداية والنهاية»، يقول مصطفى محمود إن «إسرائيل تتصرف وكأنها تتعامل مع أصفار، وتتوسع وكأنها تمرح في فراغ، وهذا الغياب للموقف العربي سوف تكون له عواقب وخيمة». وأمام هذا التهاون أو الهوان العربي كان ضروريا أن يحذر المفكر المصري من مآلات السلام الذي يسعى إليه الكيان الصهيوني، ففي كتابه «على حافة الانتحار» رأى أن إسرائيل ليست لديها نية جادة للسلام بقدر ما هي راغبة في تطويع وقبول من الطرف العربي لسلام من طرف واحد.

روى مصطفى محمود أنه عندما عرض على التلفاز مشروع برنامج العلم والإيمان، وافق التلفاز راصدًا 30 جنيه للحلقة !، وبذلك فشل المشروع منذ بدايته إلا أن أحد رجال الأعمال علم بالموضوع فأنتج البرنامج على نفقته الخاصة ليصبح من أشهر البرامج التلفازية وأوسعها انتشاراً على الإطلاق، ولا زال الجميع يذكرونه سهرة الإثنين الساعة التاسعة ومقدمة الناى الحزينة في البرنامج وافتتاحية مصطفى محمود (أهلا بيكم)! إلا أنه ككل الأشياء الجميلة كان لا بد من نهاية، للأسف هناك شخص ما أصدر قرارا برفع البرنامج من خريطة البرامج التلفازية!! وقال ابنه ادهم مصطفى محمود بعد ذلك أن القرار بوقف البرنامج صدر من الرئاسة المصرية إلى وزير الإعلام آنذاك صفوت الشريف.

حازت روايته «رجل تحت الصفر» على جائزة الدولة لعام 1970 وبتاريخ الاثنين 2 يونيو/حزيران 2008 كتب الشاعر فيصل أكرم مقالاً في (الثقافية) - الإصدار الأسبوعي لصحيفة (الجزيرة) بعنوان (ذاكرة اسمها لغز الحياة.. ذاكرة اسمها مصطفى محمود) وطالب الصحيفة بإصدار ملف (خاص) عن مصطفى محمود - تكريماً لهُ، وبالفعل أصدرت الصحيفة في تاريخ الاثنين 7 تموز/يوليو 2008 العدد الخاص من (الجزيرة الثقافية) وكان يتحدث من الغلاف إلى الغلاف عن مصطفى محمود، ضم الملف كتابات لثلاثين مثقفاً عربياً من محبي مصطفى محمود، ومن أبرزهم: د. غازي القصيبي، د. زغلول النجار، د. إبراهيم عوض، د. سيار الجميل.. وغيرهم من الأدباء والمفكرين والأكاديميين، بالإضافة إلى الشاعر فيصل أكرم الذي أعد الملف كاملاً وقدمهُ بصورة استثنائية.

كانت ازمة كتاب الشفاعه محنة شديدة أدت به إلى أن يعتزل الكتابة إلا قليلاً وينقطع عن الناس حتى أصابته جلطة، وفي عام 2003 أصبح يعيش منعزلاً وحيداً. وقد برع الدكتور مصطفى محمود في فنون عديدة منها الفكر والأدب، والفلسفة والتصوف، وأحياناً ما تثير أفكاره ومقالاته جدلاً واسعاً عبر الصحف ووسائل الإعلام. قال عنه الشاعر الراحل كامل الشناوي ”إذا كان مصطفى محمود قد ألحد فهو يلحد على سجادة الصلاة، كان يتصور أن العلم يمكن أن يجيب على كل شيء، وعندما خاب ظنه مع العلم أخذ يبحث في الأديان بدءا بالديانات السماوية وانتهاء بالأديان الأرضية ولم يجد في النهاية سوى القرآن الكريم“.

تعود شهرة المفكر الراحل إلى برنامجه العلم والإيمان، الذي قدم منه على شاشة التلفزيون المصري 400 حلقة، وأصبح أشهر البرامج التلفزيونية وأوسعها انتشارا وتوفي في تمام الساعة السابعة والنصف من صباح السبت 31 أكتوبر 2009 بعد رحلة علاج استمرت عدة شهور عن عمر ناهز 88 عاما.

لمصطفي محمود ميدان باسمه في محافظة الجيزة حيث يضم مسجدا أسسه عام 1979 تحت اسم مسجد مصطفى محمود، بالإضافة لمركز طبي لعلاج غير القادرين ومرصد‏ ‏فلكي‏، ‏ومتحف ‏للجيولوجيا. ‏

قدم مصطفى محمود للمكتبة العربية نحو 80 كتابا في فروع الأدب والسياسة والفلسفة والعلوم، بالإضافة للقصص القصيرة والمسرحيات، ومن أشهر كتبه وقصصه: "تأملات في دنيا الله"، و"الإسلام في خندق"، و"زيارة للجنة والنار"، و"عظماء الدنيا وعظماء الآخرة"، و"عنبر ٧"، و"شلة الأنس"، و"المستحيل"، و"رجل تحت الصفر" و"حوار مع صديقي الملحد"، و"العنكبوت"، و"رائحة الدم"، و"ألاعيب السيرك السياسي"، و"إسرائيل البداية والنهاية"، و"أكل عيش".

كان صديقاً شخصياً للرئيس السادات ولم يحزن على أحد مثلما حزن على مصرعه يقول في ذلك "كيف لمسلمين أن يقتلوا رجلاً رد مظالم كثيرة وأتى بالنصر وساعد الجماعات الإسلامية ومع ذلك قتلوه بأيديهم.. وعندما عرض السادات الوزارة عليه رفض قائلاً: "أنا فشلت في إدارة أصغر مؤسسة وهي الأسرة.. فأنا مطلق.. فكيف بي أدير وزارة كاملة؟". فرفض مصطفى محمود الوزارة كما سيفعل بعد ذلك جمال حمدان مفضلاً التفرغ للبحث العلمي..

تعرض مصطفي محمود لأزمات فكرية كثيرة كان أولها عندما قدم للمحاكمة بسبب كتابه (الله والإنسان) وطلب عبد الناصر بنفسه تقديمه للمحاكمة بناء على طلب الأزهر باعتبارها قضية كفر!..إلا أن المحكمة اكتفت بمصادرة الكتاب، بعد ذلك أبلغه الرئيس السادات أنه معجب بالكتاب وقرر طبعه مرة أخرى!.