يذكر أن مصطفى محمود كثيراً ما اتهم بأنَّ أفكاره وآراءه السياسية متضاربة إلى حد التناقض؛ إلا أنه لا يرى ذلك، ويؤكد أنّه ليس في موضع اتهام، وأنّ اعترافه بأنّه كان على غير صواب في بعض مراحل حياته هو درب من دروب الشجاعة والقدرة على نقد الذات، وهذا شيء يفتقر إليه الكثيرون ممن يصابون بالجحود والغرور، مما يصل بهم إلى عدم القدرة على الاعتراف بأخطائهم.

يروي العالم الراحل أنه تم تقديمه إلى المحاكمة بناء على طلب من عبدالناصر، بعدما كتب سلسلة من المقالات جمعها في كتابه "الله والإنسان" واعتبروها قضية كفر واكتفت المحكمة بمصادرة الكتاب دون أن توضح أسباب الحكم، وعقب رحيل عبد الناصر أبلغ الرئيس الراحل أنور السادات مصطفى محمود عن إعجابه بالكتاب فطبعه من جديد تحت عنوان "حوار مع صديقي المُلحد" وهو ما أثار الجدل ضده مجددا وتم اتهامه بالإلحاد كما أثارت مقالات أخرى له جدلا كبيرا وطالته اتهامات بإنكار الشفاعة والتشكيك في القرآن الكريم، والأحاديث النبوية.

في الستينيات عشق مصطفى محمود الكتابة ونشر عدة مقالات في مجلة "روزاليوسف" قبل إنهاء دراسته في الجامعة وعبر عن عشقه للصحافة بترك الطب من أجلها، حيث أصدر ‏ ‏الرئيس الراحل جمال‏ ‏عبد‏‏الناصر‏، ‏قرارا‏ ‏بمنع‏ ‏الجمع‏ ‏بين‏ ‏وظيفتين‏، فقرر مصطفى‏ محمود الذي كان ‏‏يجمع‏ ‏بين عضوية‏ ‏نقابتي‏ ‏الأطباء‏ ‏والصحافيين‏، ‏‏الاستغناء‏ ‏عن‏ ‏عضوية‏ ‏نقابة‏ ‏الأطباء‏ والعمل بالصحافة.

نشأ وهو صغير في منزل والده معملا صغيراً يصنع فيه الصابون والمبيدات الحشرية ليقتل بها الحشرات، ثم يقوم بتشريحها، وحين التحق بكلية الطب اشتُهر بـ"المشرحجي" لبقائه لفترات طويلة في المشرحة أمام جثث الموتى ما كان له أثر بالغ أثّر في أفكاره وتأملاته حول الموت وخروج الروح من الجسد.

عاش مصطفى محمود في قريته بالمنوفية بجوار مسجد المحطة الذي يعد أحد مزارات الصوفية الشهيرة في مصر مما ترك أثره الواضح على أفكاره وتوجهاته وكان متفوقا في دراسته ويجادل أساتذته حتى ضربه مدرس اللغة العربية فغضب وانقطع عن الدراسة لمدة ثلاث سنوات إلى أن ترك المدرس المدرسة فعاد مصطفى محمود لمواصلة الدراسة.

في أوائل 1900، تناولت بعض الشخصيات الفكرية مسألة الإلحاد. فظهرت في تلك الفترة على سبيل المثال مقال لماذا أنا ملحد؟ لإسماعيل أدهم، وأصدر طه حسين كتابه في الشعر الجاهلي، وخاض نجيب محفوظ أولى تجارب المعاناة الدينية والظمأ الروحي.

ولد مصطفى كمال محمود حسين آل محفوظ في 27 ديسمبر 1921 في قرية ميت خاقان التابعة لمركز شبين الكوم في محافظة المنوفية، وهو من الأشراف وينتهي نسبه إلى علي زين العابدين. توفي والده عام 1939 بعد سنوات من الشلل، درس الطب وتخرج عام 1953 وتخصَّص في الأمراض الصدرية، ولكنه تفرغ للكتابة والبحث عام 1960. تزوج عام 1961 وانتهى الزواج بالطلاق عام 1973. رزق بولدين هما «أمل» و«أدهم». تزوج ثانية عام 1983 من السيدة زينب حمدي وانتهى هذا الزواج أيضا بالطلاق عام 1987.

أنشأ عام 1979 مسجده في الجيزة المعروف باسم «مسجد مصطفى محمود». ويتبع له ثلاثة مراكز طبية تهتم بعلاج ذوي الدخل المحدود. وشكل قوافل للرحمة من ستة عشر طبيبًا، ويضم المسجد الجمعية الفلكية بمسجد محمود، ومتحفاً للجيولوجيا، يقوم عليه أساتذة متخصصون. ويضم المتحف مجموعة من الصخور الجرانيتية، والفراشات المحنطة بأشكالها المتنوعة وبعض الكائنات البحرية. أُطلق على كويكب اسم (296753) مصطفى محمود تكريمًا له.

مصطفى محمود (27 ديسمبر 1921 – 31 أكتوبر 2009)، هو فيلسوف وطبيب وكاتب مصري. ألف 89 كتابًا منها الكتب العلمية والدينية والفلسفية والاجتماعية والسياسية إضافة إلى الحكايات والمسرحيات وقصص الرحلات، ويتميز أسلوبه بالجاذبية مع العمق والبساطة. كان مصطفى محمود مقدّمًا لأكثر من 400 حلقة من برنامجه التلفزيوني الشهير (العلم والإيمان).

نظرية هرم الجيزة:
في فيلم وثائقي من إعداد ناشونال جيوغرافيك في عام 2002، اقترح الباز مصدرًا جديدًا لشكل أهرامات الجيزة. يعتقد الباز أن قدماء المصريين اختاروا دفن موتاهم في أبنية هرمية لأنهم يعلمون من السنوات المبكرة أن الآثار الهرمية، الوفيرة في الصحراء الغربية بمصر، تنجو من التعرية.