أراد بيبرس معاقبة الصليبيين الذين ساعدوا المغول في عين جالوت خاصة بوهيموند السادس أمير إنطاكية، فوجه جيشا تمركز في حلب لشن غارات على أنطاكية، ثم تجددت الغارات في السنة التالية وتعرض ميناء السويدية للتهديد وكذلك تعرضت مدينة أنطاكية نفسها للحصار وكادت ان تسقط لولا النجدة المغولية الأرمنية التي قادها الملك هيتوم فاضطر المماليك إلى فك الحصار عنها.

إن العداء بين المماليك والمغول لم ينقطع منذ وقعة عين جالوت، فبعد وفاة بدر الدين لؤلؤ والي الموصل وحليف المغول في شعبان 656 / أغسطس 1258 م خلفه ابنه الملك الصالح إسماعيل الذي هادن المغول أول الأمر ثم انقلب عليهم وطردهم من الموصل، وارسل أخاه إلى مصر لطلب المساعدة من بيبرس، ثم ذهب بنفسه ونسق معه، فارسل هولاكو إليه جيشا تعداده عشرة آلاف فارس بقيادة صندغون، فحاصره فيها، وما أن علم بيبرس بذلك حتى أرسل اليه نجدة تعدادها سبعمائة فارس وأمر بخروج العساكر من دمشق وحلب، فخرج صاحب حلب وهو شمس الدين البرلي في سبعمائة فارس من الغز وأربعمائة من التركمان ومئة من العرب.

ا أن استلم بيبرس الحكم حتى أقبلت الوفود على مصر من كل البقاع، فقدم إليه وفد من العصفوريين حكام البحرين برئاسة مقدهم محمد بن أحمد العامري سنة 658 هـ/ 1260 م لمباركته على الحكم وطلبوا منه مساعدته للتصدي لهجمات خانات المغول من فارس.
وتحالف بيبرس مع بركة خان زعيم القبيلة الذهبية في حربه ضد هولاكو خان الخانات فارس وأقام معاهدات وعلاقات ودية مع مانفرد بن فريدريك الثاني الإمبراطور الروماني، كما حالف ملك نابولي وصقلية وملك قشتالة ألفونسو العاشر. وحالف أيضا الإمبراطور ميخائيل الثامن امبراطور بيزنطة، وحالف أيضا سلطان سلاجقة الروم عز الدين كيكاوس، وقد كان يبعث بالرسائل والهدايا للآخرين (بركة خان وعز الدين) ويحثهم على محاربة المغول الإلخانات لكف أذاهم عن دولته، كي يتفرغ للصليبيين.

هتم بيبرس بتجديد الجامع الأزهر فأعاد للأزهر رونقه وقام بحملات من الترميم والتجميل حتى عاد له جماله ومكانته مرة أخرى، وأعاد خطبة الجمعة والدراسة إلى الجامع الأزهر بعد أن هجر طويلا، ونصب أربعة قضاة شرعيين، واحدا من كل مذهب من مذاهب السنة الأربعة بعد أن كان القضاء مقتصرا على قاضي قضاة شافعي. وفي خارج مصر قام بعدد من الإصلاحات في الحرم النبوي بالمدينة المنورة، وقام بتجديد مسجد إبراهيم في الخليل، وزار بيت المقدس يوم الجمعة 17 جمادى الآخرة 661 هـ / 1262 م، فقام بتجديد ما قد تهدم من قبة الصخرة، وجدد قبة السلسلة وزخرفها ورتب برسم مصالح المسجد في كل سنة خمسة آلاف درهم.

شهد عهده نهضة معمارية وتعليمية كبيرة حيث عمل على إنشاء العديد من المدارس في مصر ودمشق، ومنها المدرسة الظاهرية في دمشق التي بنيت عام 676 هجرية والتي أنشئت فيها المكتبة الظاهرية أواخر القرن التاسع عشر، كما أنشأ عام 665 هجرية مسجد الظاهر بيبرس في القاهرة والذي مازال قائماً إلى اليوم، ونسبت المنطقة حوله له باسم حي الظاهر، وأنشأ مسجداً آخر باسمه في مدينة قليوب لايزال موجوداً حتى الآن ويسمى الميدان الموجود فيه «ميدان بيبرس» بمدينة قليوب البلد. كما عمل بيبرس على إنشاء الجسور والقناطر والأسوار، وحفر الترع والخلجان، وأنشأ مقياسا للنيل وقام بأعمال أخرى كثيرة مثل تنظيم البريد فخصص له الخيل، وبنى كثيرا من العمائر.

عمد السلطان بيبرس إلى تأمين وصول قواته إلى بلاد الشام بالسيطرة على كل المدن والقلاع الممتدة على الطريق بين مصر والشام وجعلها تابعة له، وبالأخص حصن الكرك الذي كان تحت سيطرة الملك عمر بن العادل بن الكامل الأيوبي، الذي لم يقدم فروض الطاعة له، فاستولى على الحصن وقتل الملك عمر. والتفت أيضا إلى تحصين الأطراف والثغور وعمارة القلاع التي خربها المغول في الشام. وأخذ يزودها بالرجال والسلاح من مصر وبعض مدن الشام القوية. كما عمل على تقوية الأسطول والجيش وأشرف بنفسه على بناء السفن الحربية في دور صناعتها الموجودة في الفسطاط والإسكندرية ودمياط. ولم يكتف بهذا العمل لتأمين وصول قواته إلى الشام ومنع أي التفاف حولهم من الخلف، بل عمد أيضا إلى التحالف مع بعض القوى الخارجية ليتفرغ للصليبيين.

بعد نهاية الخليفة الأول المؤلمة واستقدم السلطان بيبرس اميراً عباسياً اخر هو أحمد بن الحسن الذي يعود في نسبه إلى الخليفة المسترشد بالله وكان صاحب حلب قد نصبه خليفة هناك الا انه دان للمستنصر الثاني فيما بعد وعقد بيبرس مجلسا لمبايعة هذا الأمير العباسي للخلافة في القلعة في 9 محرم 661 الموافق 22 نوفمبر 1262 وبايعه بيبرس كما بايع سلفه، ولقب بالخليفة الحاكم بأمر الله الأول وقد عدل عن التفكير بجعل مقر الخليفة في بغداد، حيث أبقاه في القاهرة بعيدا عن خطر المغول، وبذلك أحييت الخلافة العباسية للمرة الثانية في القاهرة، غير أن الخلافة لم تتدخل في الشؤون المملوكية، وظلت السلطة الفعلية بيد الظاهر بيبرس والمماليك من بعده.

راد بيبرس أن يضفي إلى حكمه نوعا من الزعامة والنفوذ على البلاد الإسلامية، ولكي يمنح دولته الفتية نوعا من الشرعية عمد إلى إحياء الخلافة العباسية في القاهرة ليقيلها من الانتكاسة التي أصابتها في بغداد على يد المغول. وعليه فقد أرسل في طلب أحد أبناء البيت العباسي فوصل إلى القاهرة أبو القاسم أحمد بن الظاهر بأمر الله في رجب 659 هـ/يونيو 1261 م، حيث قوبل بالتكريم والاحترام، وبعدها بأيام عقد السلطان بيبرس مجلسا عاما بالديوان الكبير بالقلعة واستدعى كل أعيان البلد، ثم قام السلطان أمام الجميع فبايع الخليفة على العمل بكتاب الله وسنة رسوله وعلى الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وعلى الجهاد في سبيل الله، فتبعه الجميع بالمبايعة ولقب الخليفة المستنصر بالله.

تمكن الظاهر بيبرس أيضا من القضاء على التمردات الفاطمية في القاهرة والتي أثارها رجل يدعى الكوراني[؟]، وهو فارسي الأصل من نيسابور. كان الكوراني يهدف إلى قلب نظام الحكم وإرجاع الفاطميين، وقد نتجت تلك الحركة إلى إعلان العصيان على بيبرس والمسير في شوارع القاهرة ليلا ثم الهجوم على مخازن السلاح والإصطبلات وأخذ ما فيها من سيوف وخيل، إلا أن الظاهر بيبرس تمكن بقواته الخاصة من الإحاطة بالمتمردين والقبض على جميع زعمائهم ومنهم الكوراني، وأقر السلطان بصلبه على باب زويلة في القاهرة. وبهذا انتهت جميع محاولات الفاطميين للتمرد والعودة إلى سدة الحكم.

عمد أولا إلى القضاء على الاضطرابات الداخلية، وتصفية معارضيه الذين احتجوا على مقتل السلطان قطز ومنهم الأمير علم الدين سنجر الحلبي، الذي كان قطز قد استنابه في دمشق، والذي نادى بنفسه سلطانا على دمشق وركب بشعار السلطنة وأمر بالخطبة لنفسه على المنابر وضرب السكة باسمه، ثم أرسل إلى الأمراء في حلب وحماة بوجوب طاعته. وقد جرد بيبرس بحملة عسكرية ضده، فتمكنت تلك الحملة من القضاء عليه وإعادة دمشق تابعة إلى حكم بيبرس وذلك بتاريخ 16 صفر 659 هـ / يناير 1261م.