في العاشر من أبريل عام 1257 تم اغتيال السلطان عز الدين أيبك أثناء استحمامه داخل قلعة الجبل على أيدي عدد من الخدم فمات بعد أن حكم البلاد سبع سنوات. أعلنت شجر الدر في الصباح التالى انه قد توفي فجأة أثناء الليل إلا أن المماليك المعزية بقيادة نائب السلطنة قطز لم يصدقوها وأعترف الخدم تحت وطأة التعذيب بالمؤامرة فحاول المعزية قتلها إلا أن المماليك الصالحية قامت بحمايتها ونقلت إلى البرج الأحمر بالقلعة

بعد مقتله تعصب المماليك المعزية لابن سيدهم المدعو "نور الدين علي" بن أيبك ، وكان في الخامسة عشرة من عمره ، وأقاموه سلطانا على البلاد، ولمّا تعرض الشرق الإسلامي لخطر المنغول الذي اجتاح الشام وأصبحت مصر على مقربة من هذا الخطر، قام قطز نائب السلطنة بعزل السلطان الصغير ، وتولى الحكم لمواجهة الخطر المغولى الداهم ، وخرج إلى ملاقاة المغول في "عين جالوت" وحقق نصار تاريخيا في 3 سبتمبر 1260 ، وطرد المنغول من المنطقة ، وضمَّ الشام إلى سلطان المماليك الذين أصبحوا سادة الموقف ، ومن بيدهم مقاليد الأمور في مصر والشام.

نقش على نقوده اسمه «أيبك» فقط بدون ألقاب أو كنايات. أيضا نقش اسم السلطان الأيوبي الصالح أيوب على هذا النحو: «أيوب ابن الملك الكامل». وعلى الجانب الآخر من نقود أيبك نقش اسم الخليفة العباسي كالتالي: «المستنصر بالله أبو أحمد المنصور بالله أمير المؤمنين».

مات عز الدين أيبك وشجرة الدر بعد أن أسسا دولة المماليك. تلك الدولة التي سيطرت على جنوب وشرق حوض البحر المتوسط لبضعة عقود من الزمان قضت خلالها على القوى المغولية والصليبية التي تآزرت ضد المسلمين وحاولت اقتلاع العالم الإسلامي.

في العاشر من أبريل عام 1257 تم اغتيال السلطان عز الدين أيبك أثناء استحمامه داخل قلعة الجبل على أيدي عدد من الخدم فمات بعد أن حكم البلاد سبع سنوات. أعلنت شجر الدر في الصباح التالي أنه قد توفي فجأة أثناء الليل إلا أن المماليك المعزية بقيادة نائب السلطنة قطز لم يصدقوها واعترف الخدم تحت وطأة التعذيب بالمؤامرة فحاول المعزية قتلها إلا أن المماليك الصالحية قامت بحمايتها ونقلت إلى البرج الأحمر بالقلعة. قام المعزية بتنصيب نور الدين بن أيبك سلطانا على البلاد وكان صبيا في الخامسة عشرة من العمر. بعد بضعة أيام عثر على جثة شجر الدر ملقاة خارج القلعة بعد أن قتلتها ضربا جواري أم المنصور نور الدين علي. تم إعدام الخدم الذين قاموا باغتيال عز الدين أيبك.

بحلول عام 1257 كان سوء العلاقات بين أيبك وزوجته شجر الدر قد وصل إلى ذروته وتزايدت الوحشة بينهما بسبب تسلط شجر الدر على الحكم بل وعلى حياته الشخصية حيث كانت تمنعه من زيارة زوجته الأخرى أم ابنه نور الدين علي وتصر على أن يقوم بتطليقها. أيبك الذي كان يبحث عن استقلالية وتحالفات تساعده على التصدي للأيوبيين والبحرية الفارين قرر الزواج من ابنة صاحب الموصل بدر الدين لؤلؤ. و
قد أخبره بدر الدين لؤلؤ أن شجر الدر قد كاتبت الملك الناصر يوسف وحذره منها. عزم أيبك على الزواج من امرأة أخرى بالإضافة إلى خلافاتها معه في أمور الحكم وهي التي جعلته يبلغ السلطنة وإحساسها بمخاطر على حياتها أساء شجر الدر وأثار رغبتها في التخلص من أيبك فما كان منها إلا أن دبرت خطة لاغتياله مع بعض الخدم والمماليك.

أصبح أيبك - مع زوجته شجر الدر ونائب السلطنة قطز - الحاكم الأوحد لمصر. إلا أن وجود البحرية الفارين وعلى رأسهم بيبرس البندقداري وقلاوون الألفي وبعض الأمراء الكبار عند غريمه الأيوبي الملك الناصر ودخولهم في خدمته كان يقلقه. فالمماليك في الشام راحوا يحرضون الملوك الأيوبيين على غزو مصر والإطاحة بأيبك قام الناصر يوسف بإرسال قوات من الشام إلى مصر للقضاء على أيبك كانت تضم المماليك البحرية مع عسكره.

كان لاغتيال فارس الدين أقطاي وفرار البحرية نتائج داخلية هامة منها بزوغ نجم الأمير سيف الدين قطز الذي أصبح أقرب المماليك إلى أيبك وأحبهم إليه، ومنها انقسام المماليك منذ ذلك الحين إلى فريقين هما المماليك البحرية والمماليك المعزية.
في عام 1255 تمرد شبيه اسمه عز الدين أيبك الأفرم وهو من المماليك الصالحية على السلطان أيبك وسار إلى الصعيد وقام بجمع الأعراب فسيّر إليه أيبك العسكر بقيادة وزيره الأسعد شرف الدين الفائزي الذي تمكن من اخماد التمرد.

ولاحق أيبك البحرية الفارّين فصادر أموالهم وممتلكاتهم واسترد مدينة الإسكندرية التي كان أقطاي قد اقتطعها لنفسه من خاص السلطنة في عام 1252 وأعاد للناصر البلاد التي كان قد اقتطعها للبحرية بالساحل من قبل. وأرسل إلى حكام المناطق التي فروا إليها يحذرهم منهم ويحرضهم عليهم. أما البحرية الذين لم يتمكنوا من الفرار من مصر فقد قام أيبك بالقبض عليهم وأعدم بعضهم ونودي في مصر بتهديد من أخفى أحدا من البحرية.

تآمر أيبك مع قطز والمماليك المعزية على اغتيال فارس الدين أقطاي والقضاء على مماليكه فقام أيبك بدعوة أقطاي إلى قلعة الجبل لأخذ مشورته في أمر ما واغتاله. في بادئ الأمر ظنت مماليك أقطاي أن أيبك قد حجز زعيمهم في القلعة فلما تجمعوا عندها للمطالبة بالإفراج عنه ألقيت إليهم رأسه فأُصيبوا بالفزع وأيقنوا أن أيبك قد عزم على القضاء عليهم ففروا من مصر أثناء الليل. وهربت جماعة منهم إلى سلطنة الروم السلاجقة وآخرى إلى الكرك وثالثة إلى سوريا. وكان من بين تلك الجماعة الأخيرة بيبرس البندقداري وقلاوون الألفي وسنقر الأشقر.