في عام 1253 نشب تمرد خطير في مصر الوسطى والصعيد قامت به القبائل العربية المقيمة بمصر بزعامة حصن الدين ثعلب الذي تصدى له الأمير فارس الدين أقطاي وانتصر عليه بالقرب من ديروط وأخمد ثورته. بعد أن منح أيبك الأمان لثعلب استدعاه وسجنه بالإسكندرية. نجاح فارس الدين أقطاي في سحق تمرد ثعلب ومن قبل في الانتصار على جيش الناصر يوسف منحاه ومعه مماليكه البحرية مكانة ونفوذا جعلت أيبك يتوجس منهم ويعتبرهم مصدرا للتهديد على سلطنته. عندما طلب أقطاي من أيبك سكنى القلعة مع عروسه التي سيعقد عليها وكانت أختاً للملك المظفر صاحب حماة لاح لأيبك أن أقطاي ومماليكه البحرية قد تجاوزوا كافة الاعتبارات فقرر القضاء على أقطاي.

في عام 1252 وردت الأنباء بأن الجيش المغولي بقيادة هولاكو قد اقتحم الحدود الشرقية للعالم الإسلامي وانه ينوى الاستيلاء على بغداد فقام أيبك بازاحة الملك الأشرف موسى من تخت السلطنة وسجنه ونصب الأمير سيف الدين قطز نائبا له ثم نفى الأشرف في وقت لاحق إلى الأراضي البيزنطيه وكان الأشرف موسى آخر من خطب له من بيت أيوب بالسلطنة بمصر. بسبب الوضع دعم مركزه داخل مصر وقد تمكن في عام 1253 من خلال التفاوض الذي أشرف عليه الخليفة العباسي من عقد صلح مع الناصر تم له بمقتضاه الاتفاق على المناطق التابعة لكلا الجانبين.

الناصر يوسف الأيوبي ملك دمشق والذي أصبح الشام كله بيده بعث بجيش إلى غزة للاستيلاء على مصر والإطاحة بأيبك لكن سيف الدين أقطاي تصدى له. ثم قام الناصر بمحاولة جديدة قاد فيها جيشًا كبيرًا إلى مصر وتمكن من كسر ميسرة جيش أيبك في معركة جرت بالقرب من الصالحية وفر عسكر أيبك إلى القاهرة وتبعهم عدد من عسكر الناصر واتضح للناس أن الناصر قد انتصر فخطب له بالقاهرة ومناطق آخرى من مصر، في غضون ذلك أرض المعركة ما تزال المعارك دائرة بين جيش الناصر وأيبك، وأستولت البحرية بقيادة أقطاي على سناجقه ونهبت أمواله ووقع في الأسر عدد كبير من عسكر وأمراء جيشه كان من بينهم تورانشاه وأخاه نصرة الدين محمد والملك الأشرف. بعدها بقليل استولى فارس الدين أقطاي على الساحل ونابلس إلى نهر الأردن.

أعلن أيبك أنه ليس سوى نائب للخليفة العباسي وأن مصر لا تزال تابعًا للخلافة العباسية كما كانت من قبل. ولإثبات ولائه لأستاذه السلطان الأيوبي المتوفى الصالح أيوب قام أيبك بنقل رفاته من قلعة جزيرة الروضة إلى مقبرته التي كان قد أنشأها قبل وفاته قرب مدرسته في منطقة بين القصرين بالقاهرة. حتى تلك اللحظة كان أيبك يعتمد على ثلاث أمراء وهم: زعيم المماليك البحرية فارس الدين أقطاي الجمدار، وركن الدين بيبرس البندقداري، وسيف الدين بلبان الرشيدي.

تزوجت شجر الدر من أيبك وتنازلت له عن العرش بعد أن حكمت مصر ثمانين يومًا بإرادة صلبة وحذق متناهي في ظروف عسكرية وسياسية غاية في التعقيد والخطورة بسبب غزو العدو الصليبي للأراضي المصرية وموت زوجها سلطان البلاد الصالح أيوب بينما الحرب ضد الصليبيين دائرة على الأرض الواقعة بين دمياط والمنصورة. نُصِّب أيبك سلطانًا واتخذ لقب الملك المعز. في محاولة لإرضاء الأيوبيين والخليفة العباسي قام المماليك بإحضار طفل أيوبي في السادسة من عمره، وقيل في نحو العاشرة من عمره، وسلطنوه باسم «الملك الأشرف مظفر الدين موسى»

عدم الاعتراف بسلطنة شجر الدر من قبل الأيوبيين في دمشق والخليفة العباسي (الذي كان اعترافه بالسلاطين مطلوبًا لشرعية حكمهم رغم كونه خليفةً اسمًا فقط) أربك المماليك في مصر وأقلقهم فراحوا يفكرون في وسائل توفيقية ترضي الأيوبيين والخليفة العباسي وتمنحهم شرعية لحكم البلاد فقرر المماليك تزويج شجر الدر من أيبك ثم تتنازل له عن العرش فيرضى الخليفة العباسي بجلوس رجل على تخت السلطنة ثم البحث عن رمز أيوبي يشارك أيبك الحكم اسميًا فيهدأ خاطر الأيوبيين ويرضوا عن الوضع الجديد.

لم يرض كلا من الأيوبيين في الشام في دمشق والخليفة العباسي المستعصم بالله في بغداد بانتزاع عرش الأيوبيين في مصر وتنصيب شجر الدر ورفضا الاعتراف بسلطانها فقام الأمراء الأيوبيون بتسليم الكرك للملك المغيث عمر ودمشق للملك الناصر صلاح الدين يوسف الذي قبض على عدة من أمراء مصر في دمشق فرد المماليك بتجديد حلفهم لشجر الدر ونصبوا عز الدين أيبك أتابكا وقبضوا على الأمراء الميالون للناصر يوسف في القاهرة. وبعث المستعصم إلى الأمراء في مصر كتابا يقول: «إن كانت الرجال قد عدمت عندكم، فأعلمونا حتى نسير إليكم رجالا».

بعد وفاة السلطان الأيوبي الصالح أيوب أثناء الحملة الصليبية السابعة (حملة الملك الفرنسي لويس التاسع) على دمياط في عام 1249 ثم اغتيال المماليك البحرية ابنه السلطان توران شاه عند فارسكور بعد هزيمة الصليبيين وأسر لويس التاسع في عام 1250, تسلطنت شجر الدر أرملة الصالح أيوب على عرش مصر بمساندة وتأييد المماليك البحرية وبذلك فقد الأيوبيون سيطرتهم على مصر.

كان أيبك أميرا. يخدم مع بني جلدته من التركمان في بلاط السلطان الأيوبي الصالح نجم الدين أيوب. لذا عرفته المماليك البحرية باسم أيبك التركماني. ترقى أيبك إلى رتبة أمير وعمل جاشنكيرا وكان رنكه رسم الخوانجا.

الملك المعز عز الدين أيبك الجاشنكير التركماني الصالحي النجمي(توفي بالقاهرة عام 1257).
أول سلاطين الدولة المملوكية. نُصِّب سلطانًا على مصر في عام 1250 بعد أن تزوجته وتنازلت له عن العرش شجر الدر سلطانة مصر وأرملة السلطان الأيوبي الصالح أيوب، وبقي سلطانًا على مصر إلى أن اُغتيل بقلعة الجبل في عام 1257.